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楼主 Author: sobereva
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[波函数分析交流] 考察分子磁感生电流的程序GIMIC 2.0的使用(含24分钟演示视频)

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发表于 Post on 2019-8-28 11:07:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-28 00:03
确认用的版本和我相同,而且已经按照第四节设置了

社长你好,版本是一样的,视频5.6中的representation的Surface LIC这个选项却没有,我看视频中您是直接打开file中的mcl-bohr.cml和jevc.vti就有该选项,与第四节中的ACID的设置有什么联系?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-28 23:14:56 | 只看该作者 Only view this author
zhouquan 发表于 2019-8-28 11:07
社长你好,版本是一样的,视频5.6中的representation的Surface LIC这个选项却没有,我看视频中您是直接打 ...

细节我忘了。
所有细节都体现在文章和视频里了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-11-2 13:45:55 | 只看该作者 Only view this author

老师,我在超算上尝试,一开始安装epel和cmake,conda,这些都是没有权限安装的。是不是就没有办法进行操作呀

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-3 07:50:22 | 只看该作者 Only view this author
fangff 发表于 2019-11-2 13:45
老师,我在超算上尝试,一开始安装epel和cmake,conda,这些都是没有权限安装的。是不是就没有办法进行操 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-2-7 04:29:51 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问新版本gimic有办法做磁感电流difference map吗?比如考察两个相同分子在不同状态下的磁感电流区别,以前旧版gimic可以用生成的jvec.txt文件来计算,可是新版本没有txt文件了请问有办法生成吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-8 10:13:17 | 只看该作者 Only view this author
wen523 发表于 2020-2-7 04:29
老师,请问新版本gimic有办法做磁感电流difference map吗?比如考察两个相同分子在不同状态下的磁感电流区 ...

Multiwfn可以载入vti文件,在主功能13里可以导出成cub文件。
利用Multiwfn的格点运算功能(看手册4.13.2节里的例子)就可以非常容易地求差,然后再导出成cube文件。
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发表于 Post on 2020-7-2 08:48:56 | 只看该作者 Only view this author
zhouquan 发表于 2019-8-27 23:22
社长,请问为什么用paraview程序进行5.6和5.7做图中的representation的选择选项并没有您视频中的选项?

没有的选项可以在Tools-Manage Plugins里展开里面添加

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发表于 Post on 2023-1-30 20:55:59 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问xyz2cml.sh在哪里下载

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-30 23:44:44 | 只看该作者 Only view this author
superficial 发表于 2023-1-30 20:55
老师,请问xyz2cml.sh在哪里下载
本文文件包里的

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发表于 Post on 2023-5-21 00:52:26 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,Rocky Linux同样可以安装您博客的命令操作嘛,试过Debian系的,通过您博客的内容和官网的内容,装了一天都没成功,一直给我报错。还是直接换红帽系的方便点。
KimariYB, Postgraduate, XiaMen University
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-21 05:06:16 | 只看该作者 Only view this author
kimariyb 发表于 2023-5-21 00:52
卢老师,Rocky Linux同样可以安装您博客的命令操作嘛,试过Debian系的,通过您博客的内容和官网的内容,装 ...

可以
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发表于 Post on 2023-5-21 10:49:57 | 只看该作者 Only view this author

卢老师,我发现大多数问题是由于现在默认安装的conda是anaconda3,直接使用您博客的命令安装环境,anaconda3自动安装的是python 3.11.3,如果不改python版本,直接按照您博客的命令输入./setup --omp,就会出现找不到python目录的情况。所以应该在 conda install cython numpy pyparsing 后,再输入 conda install python=2.7。这样进行 ./setup --omp 就不会出现上述情况了,前提是得用您博客里的gimic,如果是新版的安装我也一直出现和社区里的帖子同样的报错,目前还不知道解决办法。
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发表于 Post on 2023-5-21 11:54:39 | 只看该作者 Only view this author
还有一个问题,由于目前最新版的openbabel是3.1.1版本,如果直接使用 dnf/yum/apt-get install openbabel 是下载的最新版。调用 openbabel 的命令就不是 babel 了,而是 obabel,并且命令的格式也和老版的有所不同。因此需要将给出的 xyz2cml.sh 脚本文件更改。具体操作是将文件中第一行命令修改为 obabel -ixyz mol.xyz -ocml -Omol.cml ,方可在新版的 openbabel 环境下正常运行脚本。
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发表于 Post on 2025-7-4 23:58:43 | 只看该作者 Only view this author
【感生3D动态电流曲线 GIMIC 研究芳香性教程-哔哩哔哩】 https://b23.tv/14AsQrh

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