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[GROMACS] gromacs在能量最小化处出错的问题

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发表于 2019-6-25 20:42:05 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 qianbao 于 2019-7-2 10:03 编辑

首先承认错误,在帖子分类中没有找到GROMACS这一选项,因此选择新手求助。
和之前的一位求助的grompp出错类似,但是我调节后,仍然出错,请各位老师帮忙分析一下:


1、使用TPPmltop分别生成d.itp和a.itp,在能量最小化时遇到这样的error(图1):

1

1


2、去掉#ifndef TPPREV_jun16                                                                                               ,显示为(图2):
             #error CORRECT VERSION OF FORCE FIELD [TPPREV_jun16] WAS NOT INCLUDED
          #endif

2

2

3、因此试图查询和理解GROMACS的error,但没有成功

3

3


谢谢

d.itp

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a.itp

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topol.top

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发表于 2019-6-26 00:53:51 | 显示全部楼层
topol里d 和 a 的 itp 文件为什么要include两遍... 另外你的top 里面没有力场常数啊,确定不需要include opls-aa force field 文件

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发表于 2019-6-26 03:01:35 | 显示全部楼层
你在量化版发帖当然没有“GROMACS”分类。给你移动了
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 楼主| 发表于 2019-6-26 08:35:45 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-26 03:01
你在量化版发帖当然没有“GROMACS”分类。给你移动了

明白了,下次发帖时注意

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 楼主| 发表于 2019-6-26 08:40:12 | 显示全部楼层
wbn 发表于 2019-6-26 00:53
topol里d 和 a 的 itp 文件为什么要include两遍... 另外你的top 里面没有力场常数啊,确定不需要include op ...

感谢老师的回复!
我看了科学网上以及GROMACS教程的讲解,也反复读了手册的第五章,想将2个top文件合并成一个top文件,再进行能量最小化的操作;
然而从网站上下载来的top文件中参数较多,我没有弄懂该提取哪些参数来合并。

a.top

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d.top

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发表于 2019-6-26 09:28:45 | 显示全部楼层
qianbao 发表于 2019-6-26 08:40
感谢老师的回复!
我看了科学网上以及GROMACS教程的讲解,也反复读了手册的第五章,想将2个top文件合并 ...

我大概看一了一下,你这个错误应该是由于缺少 [ atomtypes ]这一项导致的。另外你的topology 还有两个问题,一是你include 了两个rtp文件,它们是干啥的?另外你的力场参数全是空的,你又没有include力场。

你对于top文件没有经验的话看这里 http://www.gromacs.org/Downloads ... Molecule_topologies , 里面都是文章作者上传的 example top 文件

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 楼主| 发表于 2019-7-2 21:24:32 | 显示全部楼层
wbn 发表于 2019-6-26 09:28
我大概看一了一下,你这个错误应该是由于缺少 [ atomtypes ]这一项导致的。另外你的topology 还有两个问 ...

再次感谢老师的回复,我下载并学习了您推荐的top文件,我现在重新写了一下,还请您帮忙指导一下,我还需要补习哪些知识。
目前出现了这样的状况,但我看我定义了Atomtype opls_145,并且在生成的itp文件中带有opls_145类型的碳原子。
QQ截图20190702212125.png

谢谢

c.itp

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p.itp

9.94 KB, 下载次数: 1

topol.top

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发表于 2019-7-2 23:06:05 | 显示全部楼层
qianbao 发表于 2019-7-2 21:24
再次感谢老师的回复,我下载并学习了您推荐的top文件,我现在重新写了一下,还请您帮忙指导一下,我还需 ...

你用了OPLS力场的原子类型,却不引入OPLS力场的力场文件,自己也不在[atomtypes]里提供原子类型定义,显然会报错

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qianbao 发表于 2019-7-2 21:24
再次感谢老师的回复,我下载并学习了您推荐的top文件,我现在重新写了一下,还请您帮忙指导一下,我还需 ...

[ atomtypes ] 里面第一列和第二列写反了...
另外你的键参数还是空的,要么在后面加数字,要么include OPLS力场...
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