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[GROMACS] 求助CO2在ChCl-EG溶剂体系中的溶解度的计算

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发表于 2019-7-1 16:36:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问老师,我已经构建了ChCl-EG溶剂体系,我想再往里面加CO2,计算CO2在其中的溶解度,我该怎么做呢?

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发表于 2019-7-1 19:32:23 | 显示全部楼层
扩大盒子,往真空区里加CO2
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发表于 2019-7-4 14:38:50 | 显示全部楼层
请问,您在构建chcl - EG体系时,对chcl 的拓补文件是如何生成的?您在模拟CO2在 chcl - EG的溶解度时,是先将 chcl - EG优化以后,再加入CO2呢,还是将 chcl-EG-CO2一起放入盒子,同时进行模拟的呢?

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 楼主| 发表于 2019-7-11 14:37:38 | 显示全部楼层
moluren 发表于 2019-7-4 14:38
请问,您在构建chcl - EG体系时,对chcl 的拓补文件是如何生成的?您在模拟CO2在 chcl - EG的溶解度时,是 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

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 楼主| 发表于 2019-7-11 14:38:40 | 显示全部楼层
模拟小菜鸟 发表于 2019-7-11 14:37
http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

您看下这个吧,我是用Lig找拓扑文件的

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 楼主| 发表于 2019-7-22 14:48:51 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-1 19:32
扩大盒子,往真空区里加CO2

请问老师,我在不知道该DES溶解CO2能力的情况下,是慢慢往里面加CO2吗,溶解度要怎么计算呢?谢谢老师百忙之中抽空回答,感激!

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发表于 2019-7-23 19:10:25 | 显示全部楼层
模拟小菜鸟 发表于 2019-7-22 14:48
请问老师,我在不知道该DES溶解CO2能力的情况下,是慢慢往里面加CO2吗,溶解度要怎么计算呢?谢谢老师百 ...

可以在盒子一侧一次加很多CO2,如果CO2非常多的话,体系应该会呈现气液界面,然后去统计液相区域里平均有CO2,就可以换算出溶解度
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 楼主| 发表于 2019-7-25 17:08:39 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-23 19:10
可以在盒子一侧一次加很多CO2,如果CO2非常多的话,体系应该会呈现气液界面,然后去统计液相区域里平均有 ...

请问液相区域内的CO2数是可以计算出的吗?放很多CO2进去的话不会充分混合吗,还会有气液界面吗?

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发表于 2019-7-25 21:20:17 | 显示全部楼层
模拟小菜鸟 发表于 2019-7-25 17:08
请问液相区域内的CO2数是可以计算出的吗?放很多CO2进去的话不会充分混合吗,还会有气液界面吗?

用VMD的命令行和脚本很容易统计
不是完全互溶的,总会有纯粹的CO2区
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