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[GROMACS] REMD中副本交换次数如何确定?越大越好吗?

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发表于 2019-7-10 17:33:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
本人小白一个,正在学习使用GMX做REMD计算,关于GMX命令中-replex后跟的步骤数不知咋确定,还望各位不吝赐教,真心感谢大家。

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发表于 2019-7-10 20:38:49 | 显示全部楼层
一般来说,2 ps 交换一次就可以,有些文章里面也有1 ps 或者 5 ps的

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 楼主| 发表于 2019-7-10 21:52:32 | 显示全部楼层
beyond 发表于 2019-7-10 20:38
一般来说,2 ps 交换一次就可以,有些文章里面也有1 ps 或者 5 ps的

非常感谢你的回复,其实我想问的是命令“GROMACS 4.x: mpirun mdrun -s prefix_.tpr -multi 10 -replex (number of steps) (followed by output options)”中,replex后跟的number of steps是怎么确定的?求指教啊

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发表于 2019-7-10 22:46:31 | 显示全部楼层
hddonghao 发表于 2019-7-10 21:52
非常感谢你的回复,其实我想问的是命令“GROMACS 4.x: mpirun mdrun -s prefix_.tpr -multi 10 -replex ( ...

通常步长是 2fs, 所以你后面接 1000 (2 ps)就可以了,1 ps是 500 步, 5 ps 是2500 步

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发表于 2019-7-11 03:43:27 | 显示全部楼层
就我的经验来说,有效交换步数的确定需要检查如下性质:
1. 副本的probability density functions是否有交叠以保证一定的交换概率
2. 副本的index是否能遍历整个温度区间

如果以上性质得不到满足则需要考虑使用metadynamics之类的方法提高抽样效率

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 楼主| 发表于 2019-7-11 09:48:43 | 显示全部楼层
beyond 发表于 2019-7-10 22:46
通常步长是 2fs, 所以你后面接 1000 (2 ps)就可以了,1 ps是 500 步, 5 ps 是2500 步

你的意思是命令中写“mpirun mdrun -s prefix_.tpr -multi 10 -replex 1000”?也就是步长*500是吧?

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 楼主| 发表于 2019-7-11 09:53:03 | 显示全部楼层
紫丹渡津 发表于 2019-7-11 03:43
就我的经验来说,有效交换步数的确定需要检查如下性质:
1. 副本的probability density functions是否有交 ...

非常非常感谢您的建议,那就你的经验来说,一般replex后面跟多少呢?命令“mpirun mdrun -s prefix_.tpr -multi 10 -replex”中,replex后跟多大的数字?与步长有关?步长*500?
再者,能不能把您常用的REMD的mdp文件发我一下,我参考参考,小白一个,请多多指教,非常感谢。

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发表于 2019-7-11 16:24:19 | 显示全部楼层
hddonghao 发表于 2019-7-11 09:53
非常非常感谢您的建议,那就你的经验来说,一般replex后面跟多少呢?命令“mpirun mdrun -s prefix_.tpr  ...

从你的回复中,可以看出你对MD的一些概念也不是很清楚,你也自称小白。
对于初学者,不建议直接开始跑REMD,对于你的问题,-replex的参数并不是最重要的,
number of replicas, temperature range 这些都是你需要考虑的,以保证有效的交换数量。

对于前面你的问题,我给出的1000, 是步数, 而不是500 × 2 fs (步长), 而是每 2 ps 交换一次,
2 ps / 2 fs = 1000 步

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 楼主| 发表于 2019-7-11 20:03:28 | 显示全部楼层
beyond 发表于 2019-7-11 16:24
从你的回复中,可以看出你对MD的一些概念也不是很清楚,你也自称小白。
对于初学者,不建议直接开始跑RE ...

嗯嗯,好的,非常感谢你的回复,我确实是小白一个,还得继续努力学习,非常感谢你的耐心回复
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