GROMACS (2019.3 GPU版) 并行效率测试及调试思路

王寓于 · 发表于 Post on 2020-4-4 16:58:17

请问mpirun并行版只要加上了-pme -pcme -bonded这些就会报错说相关指令无效，但是用gmx_mpi mdrun -deffnm npt -ntomp 10-pin on 计算效率又特别低是什么原因（50000原子 7ns/day)

柠檬好酸 · 发表于 Post on 2020-4-13 13:43:38

王寓于发表于 2020-4-4 16:58
请问mpirun并行版只要加上了-pme -pcme -bonded这些就会报错说相关指令无效，但是用gmx_mpi mdrun -deffnm ...

不是多机器并行不要编译mpi版本，用gmx built-in mpi，cmake时不要打开那个选项，结果是：bin文件里是gmx不是gmx_mpi。你再仔细看一楼开头关于thread和rank的知识

王寓于 · 发表于 Post on 2020-4-13 20:01:58

柠檬好酸发表于 2020-4-13 13:43
不是多机器并行不要编译mpi版本，用gmx built-in mpi，cmake时不要打开那个选项，结果是：bin文件里是gmx ...

多谢

tjuptz · 发表于 Post on 2020-5-11 12:13:44

王寓于发表于 2020-4-4 16:58
请问mpirun并行版只要加上了-pme -pcme -bonded这些就会报错说相关指令无效，但是用gmx_mpi mdrun -deffnm ...

命令错了，原文笔误别直接复制

siclin · 发表于 Post on 2020-5-18 18:06:55

感谢楼主！

kejiehe · 发表于 Post on 2020-5-21 09:46:45

我有一个不成熟的想法 3970x（24核但主频有3.8）+（3*2080显卡+1*2080Ti），平时单独跑四个任务，大体系需要时4rank并行，分出2080Ti这个rank专门算PME，这样是否可以提升计算速度上限（看你文章双显卡时是pme达到上限了）

zhangzyd · 发表于 Post on 2020-7-1 16:25:07

dgdrtd456 发表于 2019-8-16 16:59
过段时间我也写一篇V100计算卡和2080ti游戏卡的速度实测对比。

大佬，你的测试对比出来了没，求链接

961106 · 发表于 Post on 2020-12-14 20:40:31

老师您好，看了您的文章，想请教您一下，我的电脑cpu是6核的，gpu是rtx2080，现在还想装一个闲置的rtx2060，分开跑不同的任务，请问老师这个cup+gpu这样合适吗，谢谢老师

rice · 发表于 Post on 2020-12-31 15:42:07

我的操作命令直接是gmx_mpi mdrun ***，然后运行情况如图所示，机子是有两块GPU的，我该怎么操作才能利用好计算机性能呢？试了mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun 命令，直接就无法运行。请各位大佬指导一下

rice · 发表于 Post on 2020-12-31 16:10:10

是否是因为当初装软件时装的多节点并行版本，也就是楼主说的第一种并行方式。然而实际运行为单服务器，导致了无法自由设置MPI个数？那这种问题大家有没有解决方法呢？提前谢谢各位老师

ggdh · 发表于 Post on 2021-1-1 22:13:13

rice 发表于 2020-12-31 16:10
是否是因为当初装软件时装的多节点并行版本，也就是楼主说的第一种并行方式。然而实际运行为单服务器，导致 ...

使用
mpirun -np X
设置mpi个数为X

rice · 发表于 Post on 2021-1-2 16:20:39

ggdh 发表于 2021-1-1 22:13
使用
mpirun -np X
设置mpi个数为X

不知道为啥，按您的方法还是不能正常运行。后来我重新装了个单节点的2019.6版本,1 MPI +12OpenMP ，比之前的1 MPI +24OpenMP居然还快不少。确实单GPU分开跑任务性价比较高

tjuptz · 发表于 Post on 2021-1-8 21:00:49

注：2018.8版本的mdrun没有-bonded选项

cupzhx · 发表于 Post on 2021-4-26 21:26:42

感谢分享

hlfancomeon · 发表于 Post on 2021-4-29 23:13:56

简单实用，好文！

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