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[GROMACS] Gromacs模拟晶面建盒子问题和能量极小化

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发表于 2019-7-10 21:21:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 shgpei 于 2019-7-11 19:17 编辑

各位老师,我的问题如下1.下图1是我给晶面建的盒子,晶面是斜晶,在立方盒子里放置感觉不太合理,考虑换斜方盒子或者将晶面正交化,不知合理与否,或者应该怎么操作?
2.solvate命令加完水后除去晶面里的水,如下图,然后能量极小化报错,求解决办法

图1

图1

除完水

除完水

能量极小化1

能量极小化1

能量极小化2

能量极小化2

em.mdp

em.mdp

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 楼主| 发表于 2019-7-10 21:44:29 | 显示全部楼层
@卡开发发 求教老师

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发表于 2019-7-11 15:00:57 | 显示全部楼层
可以上传mdp文件看一下参数的设置。

warning里警告说3093号和3098号原子距离是3.574 nm,超过设定参数2.260的限制。所以需要检查一下这两个原子键连关系是否正常,如果正常的话,把table-limit改大就好了。估计还是构型的问题,所以应该好好检查下初始结构。

对于水盒子的选择个人认为选择什么形状都还好,只是计算效率上会有影响。

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 楼主| 发表于 2019-7-11 19:26:26 | 显示全部楼层
本帖最后由 shgpei 于 2019-7-11 20:31 编辑

谢谢
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