请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 682|回复: 1

[建模与可视化] VMD快速地绘制多个大分子静电势的又一流程

[复制链接]

604

帖子

15

威望

2223

eV
积分
3127

Level 5 (御坂)

发表于 2019-7-14 00:30:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 ggdh 于 2019-7-14 08:59 编辑

我之前发了一个用vmd纯手动做ESP的帖子:
使用vmd+cubegen快速绘制大分子静电势(ESP)图
之后sob大大发了关于绘制静电势的帖子有:
巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降!
sob写的脚本大大简化了操作,增加了一堆功能。
最近要做几个大分子的静电势,按照上面的帖子做,确实非常方便。
不过我觉得偷懒的程度还可以更上一层楼(主要省略了重命名cube文件以及根据分子数修改脚本的步骤),然后对sob大大的脚本ESPiso.vmd脚本做了一番修改。
目前方法的特点:
1.多个大分子的静电势图同时绘制和调节更加方便(同一系列物质比较ESP时,最好保持color scale一样,这时候最好把所有的分子放到一起调节,比较效果)
2.适合在服务器端产生cube文件然后在本地绘图(多个大分子静电产生慢,在服务器上算比较好,这里期待下Multiwfn的改进计算静电势的内部代码)
3.只能做最基础的ESP图,不支持静电势极值点等高级功能。

准备工作(安装脚本):
1.下载附件中的脚本
2.把脚本拷贝到vmd的安装目录(默认是:C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD)
3.用写字板打开在vmd的安装目录下的vmd.rc文件,在其中插入一行
  1. source $env(VMDDIR)ESPtools.vmd
复制代码

计算流程:
1,在服务器端产生cube文件
如果多个chk文件在同个目录,可以通过以下循环快速产生所需的cube,这里cube必须以-den.cube和-eps.cube结尾,便于脚本识别(这里考虑了向上兼容,所以densityX.cub/ESPX.cub的文件也可以识别)
  1. for i in *.chk;do
  2. formchk $i
  3. cubegen 10 density=scf ${i/.chk/}.fchk ${i/.chk/}-den.cube  -2 h
  4. cubegen 10 potential=scf ${i/.chk/}.fchk ${i/.chk/}-esp.cube  0 h
  5. done
复制代码
其中10是并行核数,0和-2是格点精度,需要进一步控制格点精度可以考虑用Multiwfn调用cubegen产生相应的cube文件。这一步会产生一系列以-den.cube 和-esp.cube结尾的cube文件。

2,在本地产生ESP图
a) 把上面的所有cube文件拷贝到本地某个文件夹下
b) 在本地文件夹下shift+右键打开powershell 或者cmd 窗口
c) 在命令行窗口中输入vmd,启动vmd后,在命令行窗口中可以看到如下图所示的脚本小帮助,说明脚本安装成功
esphelp.png
d) 在命令行窗口中输入
  1. genall
复制代码
可以看到所有的分子的esp都出现在vmd的窗口中。通过双击其中D或者F可以调节每个分子是否显示(红色的D表示隐藏),
或者是否固定(红色的F不固定)(可以通过固定部分分子,然后使用平移功能,实现在一个vmd窗口内对所有的分子进行排列)。
vmd.png
如果只想做一个分子的ESP,可以输入
  1. genesp aaa
复制代码
来显示aaa分子的ESP(目录中需含有aaa-den.cube和aaa-esp.cube),或者是输入
  1. genesp density1
复制代码
来显示density1的ESP(目录中需含有density1.cub和ESP1.cub)
不过这里更推荐同时产生所有分子的ESP,便于统一尺度,然后渲染图片的时候,既可以分别隐藏,一个一个渲染,也可以直接在vmd中摆好,一起渲染。
e) 下面是脚本中带的一些其他功能:
  1. pmm -0.03 0.03
复制代码
调节所有分子的电势显示范围
  1. diso 0.002
复制代码
调节电子密度等值面的iso值,或者用
  1. cs RWB
复制代码
把颜色渐变调整为红-白-蓝渐变。
f) 最后加上color scale bar,这个没有脚本,还是得手动。

vmdscene.png






ESPtools.vmd

2.24 KB, 下载次数: 8

评分

参与人数 6威望 +1 eV +25 收起 理由
yjmaxpayne + 5 好物!
qinzhong605 + 5 谢谢
Shine剪水 + 5 优秀~
zsu007 + 5 好物!
小范范1989 + 5 好物!
sobereva + 1

查看全部评分

64

帖子

0

威望

557

eV
积分
621

Level 4 (黑子)

发表于 2019-7-16 09:18:50 | 显示全部楼层
谢谢分享
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2019-11-17 19:11 , Processed in 0.178154 second(s), 28 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表