GROMACS GPU加速性能测试文章(JCC,2019)

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-14 09:19:32

之前2015年时候JCC上有个GROMACS GPU加速性能测试详细测试文章Journal of Computational Chemistry 2015, 36, 1990–2008。现在这伙人用时下较新的GPU对较新版本GROMACS的GPU加速性能重新进行了测试，见https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jcc.26011

More Bang for Your Buck-Improved use of GPU Nodes for GROMACS 2018.pdf (2.83 MB, 下载次数 Times of downloads: 258)

基本结论和当年还是差不多。根据此文的测试，有实际意义的结论是：
1 用六核消费级CPU结合RTX2080这样高端GPU就可以达到很高的性价比和很好的性能，而且已经可以充分发挥单块高端GPU性能了，增加CPU核数也没太大必要。文中没测试RTX2060，不过已充分表明用2080很划算。GTX10x0系列可以不必再考虑了。
2 如果资金富裕，用十~十几核的CPU结合两块高端GPU是性价比很高的选择
3 文中特别强调从gmx 2018开始，PME的倒易空间部分可以交给GPU去算了，对于CPU核数不是很多的情况，GPU加速时的性能显著高于之前版本。

搞理论的 · 发表于 Post on 2019-8-28 17:04:26

淘宝上两千块的Tesla K40不知道靠谱不靠谱

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[GROMACS] GROMACS GPU加速性能测试文章(JCC,2019)

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