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[GROMACS] mdrun -rerun计算钠离子间的静电势,得到负值

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跑完MD后,通过rerun来计算钠离子之间的库伦势,计算结果是负值,可是按照静电势的计算公式,同号离子间的静电势不应该是正值吗?GROMACS计算静电势是默认在无穷远处为0吗?这个问题没有想明白,请各位了解的能指点指点!谢谢!

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发表于 Post on 2019-7-16 16:32:57 | 只看该作者 Only view this author
注意rerun的时候应当用cutoff方式计算静电作用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-16 17:37:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-16 16:32
注意rerun的时候应当用cutoff方式计算静电作用

谢谢社长回复!我设置rcoulomb=cut-off,并测试了不同cut-off值对离子间静电势的影响,发现cut-off > 2 nm以后,钠离子之间的静电势从负值变为正值。有一点很疑惑,就是按照1楼图中的计算公式,同号电荷之间的静电势应该始终为正值才对,但是实际上为何与cut-off值有关呢?谢谢!

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发表于 Post on 2019-7-17 02:21:50 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2019-7-16 17:37
谢谢社长回复!我设置rcoulomb=cut-off,并测试了不同cut-off值对离子间静电势的影响,发现cut-off > 2 n ...

我不是说rcoulomb设多少,而是说的是静电作用计算本身的算法(coulombtype)要用cut-off(简单截断)而不能是PME之类
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-17 08:42:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-17 02:21
我不是说rcoulomb设多少,而是说的是静电作用计算本身的算法(coulombtype)要用cut-off(简单截断)而不 ...

是的...我笔误了。我是设置了coulombtype=cut-off,发现在不同rcoulomb值下,Na+—Na+之间的静电势有正有负,和公式表现的不同,这是为什么呢?谢谢社长

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发表于 Post on 2019-7-18 22:11:51 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2019-7-17 08:42
是的...我笔误了。我是设置了coulombtype=cut-off,发现在不同rcoulomb值下,Na+—Na+之间的静电势有正有 ...

这不好说。你可以弄个简单的模型体系,里面比如就是两个钠和两个氯,通过反复测试来搞明白。你也可以到gmx邮件列表看看开发者有什么看法
注意那个不叫静电势,而叫静电作用能

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jimulation + 4 多谢社长~

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