计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: drz0918
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 基组和方法的选择对于势能面和二面角扭转曲线的拟合结果影响有多大

[复制链接 Copy URL]

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112486

管理员

公社社长

16#
发表于 Post on 2015-7-11 00:11:40 | 只看该作者 Only view this author
gromacs、amber、NAMD等等成熟、主流的基于分子力学的程序都可以很自由地设定力场参数,把力常数设0就行了。
不过,不同程序支持的力场不一样,就算利用上述这些程序弄出了二面角参数,在你用的模拟程序里也未必能直接用。所以应该先确定用什么力场,再考虑用什么程序搞。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

17

帖子

0

威望

54

eV
积分
71

Level 2 能力者

17#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-11 21:22:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-11 00:11
gromacs、amber、NAMD等等成熟、主流的基于分子力学的程序都可以很自由地设定力场参数,把力常数设0就行了 ...

老师 我使用的是TraPPE-UA力场。你对TINKER了解吗? 我看那篇博士论文里 使用这个软件计算除去二面角扭转能以外的其他所有能量。采用的也是这个联合原子力场。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112486

管理员

公社社长

18#
发表于 Post on 2015-7-11 22:11:35 | 只看该作者 Only view this author
Tinker我不怎么用。各种动力学程序基本都大同小异,看看手册就行了。你要这个计算的过程本身很简单。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

121

帖子

0

威望

911

eV
积分
1032

Level 4 (黑子)

19#
发表于 Post on 2023-8-18 17:10:48 | 只看该作者 Only view this author
大佬,你这是在进行反应力场开发吗

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-26 19:20 , Processed in 0.447714 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list