VMD的topotool如何生成周期性的键角描述的lammps data文件？

鱼叉君

大家好，我目前想用lammps跑mof的MD模拟，data文件使用VMD的topotool生成的，tcl命令如下：

set fname *.pdb
mol new $fname autobonds yes waitfor all
……
set sel33 [ atomselect top "(name H and withinbonds 1 of name O)" ]
$sel33 set type A21
$sel33  set mass 1.0079
$sel33  set radius 1.1
$sel33  set charge 0.622

……

pbc set {20.9784 20.9784 20.9784 90.0 90.0 90.0 }
mol bondsrecalc top
topo retypebonds
topo guessangles
topo guessdihedrals
topo guessimpropers
topo writelammpsdata test.data   full


但是发现在盒子边界的地方的原子的成键是不正确的：

如图，红色的是金属重心，黄色的是和金属相连的氧原子，在盒子里面他们的成键是对的，但是在盒子边界的地方就不对了，没有体现周期性，比如边界上的氧原子，在data文件里就没有键角二面角的描述，本来应该是和金属相连的，现在就和单个原子在那里一样，所以实际运行起来的时候也就不对了。

想请教大家怎样在topotool里面让它在判断成键的时候考虑周期性呢？或者有别的生成lammps周期性data文件的方法推荐吗？非常感谢！！