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楼主 Author: ggdh
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[Gaussian/gview] (更新5.0版)Gaussian优化过渡态的监控/诊断小脚本-tsmonitor

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发表于 Post on 2019-8-7 15:16:12 | 只看该作者 Only view this author
超有用的小程序,谢谢分享!

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发表于 Post on 2019-8-9 10:37:13 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2019-8-5 22:11
我试了你的关键词 其中optcyc=300不认,说我语法错误。是不是你的Gaussian版本太老?
我建议你使用g09的 ...

应该是这样的,谢谢钟老师!

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发表于 Post on 2019-11-1 01:25:02 | 只看该作者 Only view this author
實在太好用了! 希望作者以後能夠分享更多類似的小腳本, 感謝分享

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发表于 Post on 2020-5-25 08:24:07 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2019-8-5 22:17
需要知道的是,所有列出的Eigenvector 都对应第一个,也是绝对值最大的那个虚频。
而且gaussian 的log里 ...

我看您留的邮箱是武汉大学,我也是武汉大学的,似乎武汉大学超算中心提交的任务只能单个运行,那么在运算的时候,不就没办法检测了吗?这样就只能等计算完了再分析了?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-30 18:03:09 | 只看该作者 Only view this author
星斗如盘 发表于 2020-5-25 08:24
我看您留的邮箱是武汉大学,我也是武汉大学的,似乎武汉大学超算中心提交的任务只能单个运行,那么 ...

任务提交了后,在命令行就能够检测运行情况了啊,和提交的任务是否单个运行没有关系。。

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发表于 Post on 2020-5-31 09:45:51 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2020-5-30 18:03
任务提交了后,在命令行就能够检测运行情况了啊,和提交的任务是否单个运行没有关系。。

我尝试了一下,武大超算中心直接提交任务无法运行,命令前加上bash就可以了

bash tsmonitor -a - xxx.log

非常实用的小程序,特别是能量转化为kcal单位,特别贴心。

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发表于 Post on 2020-7-22 10:54:38 | 只看该作者 Only view this author
您好,反馈一个bug,如果我把几何优化,过渡态和频率写在一个输入文件中,输出文件读取出来,脚本会当成柔性扫描来处理

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发表于 Post on 2020-7-22 10:56:17 | 只看该作者 Only view this author
如果我把输出文件中“Optimization completed.
    -- Stationary point found.”这样的词去掉,能够生成我想要的数据,但是数据的排列不对

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-22 12:48:44 | 只看该作者 Only view this author
typ_gauss 发表于 2020-7-22 10:54
您好,反馈一个bug,如果我把几何优化,过渡态和频率写在一个输入文件中,输出文件读取出来,脚本会当成柔 ...

这种opt + freq 的任务,如果已经结束了 你希望获得什么样的数据呢?

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发表于 Post on 2020-7-22 14:48:17 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2020-7-22 12:48
这种opt + freq 的任务,如果已经结束了 你希望获得什么样的数据呢?

您好,如果全部做完,确实是不需要了,但是如果卡在ts的任务中,比如说第一个任务是把反应的核心位置冻结寻找极小值,找到了之后,再做过渡态的搜索,最后再做freq,极小值点成功找到之后,过渡态一直找不到,这时用脚本读取输出文件时,就会出现数据排列乱的情况。不过也不是特别要紧,稍微花点时间还是对得上

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发表于 Post on 2020-7-22 15:25:28 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2020-7-22 12:48
这种opt + freq 的任务,如果已经结束了 你希望获得什么样的数据呢?

还有就是在找极小值时,有一些情况本征值没能读出来,还有些情况好像输出文件里也没有,这样导致后面过渡态的本征值的顺序是错位的。比如下面图片的两种情况。

未命名1595402387.png (31.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 127)

未命名1595402387.png

未命名1595402304.png (21.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 131)

未命名1595402304.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-22 16:18:11 | 只看该作者 Only view this author
typ_gauss 发表于 2020-7-22 15:25
还有就是在找极小值时,有一些情况本征值没能读出来,还有些情况好像输出文件里也没有,这样导致后面过渡 ...

能否把你的log文件传我看看。。可以加我qq:32589927

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-23 22:12:14 | 只看该作者 Only view this author
typ_gauss 发表于 2020-7-22 15:25
还有就是在找极小值时,有一些情况本征值没能读出来,还有些情况好像输出文件里也没有,这样导致后面过渡 ...

版本更新了,现在支持你的任务了。

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发表于 Post on 2020-7-24 20:01:27 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2020-7-23 22:12
版本更新了,现在支持你的任务了。

感谢

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发表于 Post on 2020-8-19 22:35:17 | 只看该作者 Only view this author
能否检测AOI原子之间键长、角度等的变化

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