（更新5.0版）Gaussian优化过渡态的监控/诊断小脚本-tsmonitor

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-8-19 23:03:12

赞！说到过渡态计算的“健康程度”，其实也许可以训练一个神经网络，根据虚频的大小、数目，AOI包含情况以及当前步骤的收敛指标值，预测当前过渡态计算成功收敛的概率，甚至预测大概还需要多少步才能收敛

409407227 · 发表于 Post on 2020-8-23 15:52:32

感谢分享

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-1-9 15:47:50

钟叔，都快过年了，还没更新4.0版吗（日常催更

）

ggdh · 发表于 Post on 2021-1-10 23:02:33

冰释之川发表于 2021-1-9 15:47
钟叔，都快过年了，还没更新4.0版吗（日常催更）

好了，做了几个微小的调整，然后无耻的把版本号变成4.0了。。

lonemen · 发表于 Post on 2021-1-18 21:01:40

钟老师厉害！

星斗如盘 · 发表于 Post on 2021-4-27 16:56:56

可以导出txt结果作图吗？

ggdh · 发表于 Post on 2021-4-29 21:28:28

星斗如盘发表于 2021-4-27 16:56
可以导出txt结果作图吗？

tsmonitor xxx.log > xxx.txt

yaoYC · 发表于 Post on 2021-6-21 15:26:09

请教一下老师，是如何查看IRC任务？我试了下并没有显示吗，做的是单向的forward

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-6-21 17:47:43

yaoYC 发表于 2021-6-21 08:26
请教一下老师，是如何查看IRC任务？我试了下并没有显示吗，做的是单向的forward

是不是第一步都没有算完？

yaoYC · 发表于 Post on 2021-6-22 09:08:07

wzkchem5 发表于 2021-6-21 17:47
是不是第一步都没有算完？

并不是，已经有SCF Done了

ggdh · 发表于 Post on 2021-8-1 14:48:07

5.0发布啦，这次加了两个硬核功能，对找过渡态都有用（不忘初心

）
代码越写越大（其实也才500行。。。。），这次终于开始加入函数方便管理。
部分代码用awk重构了，awk还是强大灵活，shell的终极解决方案。

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-8-1 18:39:39

ggdh 发表于 2021-8-1 14:48
5.0发布啦，这次加了两个硬核功能，对找过渡态都有用（不忘初心）
代码越写越大（其实也才500行。。 ...

功能越来越强大了，不过好像同样大小的输出文件用5.0版比4.0老版分析慢了不少

ggdh · 发表于 Post on 2021-8-2 15:46:04

冰释之川发表于 2021-8-1 18:39
功能越来越强大了，不过好像同样大小的输出文件用5.0版比4.0老版分析慢了不少

分析IRC的速度好像没变？你看看是不是这样，因为IRC那部分是纯awk写的。

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-8-2 16:33:49

ggdh 发表于 2021-8-2 15:46
分析IRC的速度好像没变？你看看是不是这样，因为IRC那部分是纯awk写的。

我用跑TS的输出文件测试了一下，速度似乎慢了一些

；IRC还行。、

elvisng · 发表于 Post on 2021-11-24 13:53:40

尝试了一下用 IRC 生成 gjf 的功能, 但不太成功。请问一下可能是什么问题? 输入和输出如下:

$ tsm -e "r1-20 f1-20" -K "m062x 6-311g**" IRC.log

1 step job detected. Unit for energy is kCal/mol
IRC job detected
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r1 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r2 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r3 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r4 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r5 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r6 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r7 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r8 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r9 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r10 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r11 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r12 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r13 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r14 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r15 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r16 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r17 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r18 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r19 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_r20 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f1 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f2 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f3 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f4 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f5 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f6 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f7 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f8 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f9 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f10 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f11 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f12 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f13 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f14 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f15 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f16 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f17 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f18 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f19 dose not exist.
TSM_GEOM/TSM_GEOM_f20 dose not exist.
sn scf RE dE MaxF*10 RMSF*10
Normal termination of Gaussian 16 at Fri Nov 12 14:05:56 2021.

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