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[综合交流] 请教如何设置E5-2678v3*2 + GeForce RTX 2080 *2和 I5-9600K +RTX2060

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发表于 2019-8-3 13:59:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
    请教一下大家,跑gromacs2019.03,参考了社长的硬件配置推荐,配置了两台电脑,分别是XEON E5-2678v3*2 + GeForce RTX 2080 *2 (-nt 24 -pin on),64G内存,和 I5-9600K +RTX2060(-nt 6 -pin on),16G内存;两者均是固态硬盘。系统是centos7.6的X64,都按照社长的帖子来安装,并设置用了GPU加速,测试同一个小的任务(160多个氨基酸片段的蛋白和2万多个水分子,),前者需要时间是7h30min,后者需要时间是8h30min,是哪里没设置对?貌似前者性价比很低啊。 哪位大神能解疑一下呢?
    在群里问了几次了,是不是问题太过于泛泛还是太简单了,没有大神愿意回答,因此论坛发帖子请教一下大家有什么好的建议没?第一次发帖子,如果有什么不对,请多多包涵!

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发表于 2019-8-3 14:27:58 | 显示全部楼层
本帖最后由 倪宇晴 于 2019-8-3 14:31 编辑

少给几个核心试试,我的1070Ti就是18核性能到70%,36核才60%左右。
时也,命也

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发表于 2019-8-3 16:47:20 | 显示全部楼层
最好不要用两块GPU跑一个作业,这样会在数据传输上损失一部分性能,同样的道理CPU核心也不要给太多

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 楼主| 发表于 2019-8-3 16:59:11 | 显示全部楼层
倪宇晴 发表于 2019-8-3 14:27
少给几个核心试试,我的1070Ti就是18核性能到70%,36核才60%左右。

非常谢谢建议!我试试,一般给多少核心好一些呢?

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 楼主| 发表于 2019-8-3 17:00:43 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2019-8-3 16:47
最好不要用两块GPU跑一个作业,这样会在数据传输上损失一部分性能,同样的道理CPU核心也不要给太多

的确两个gpu跑一个任务比一个gpu还慢,那么实际应用过程,能否实现,可以怎么设定同时跑两个任务,每个任务分别指定其中的一个GPU呢?

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发表于 2019-8-3 18:26:04 | 显示全部楼层
qinzhong605 发表于 2019-8-3 17:00
的确两个gpu跑一个任务比一个gpu还慢,那么实际应用过程,能否实现,可以怎么设定同时跑两个任务,每个任 ...

看mdrun的help文档  -gpu_id ?

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发表于 2019-8-3 22:54:28 | 显示全部楼层
就是这样的  过两天我会专门发一个测试帖子说明原因

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 楼主| 发表于 2019-8-3 23:08:39 | 显示全部楼层
ggdh 发表于 2019-8-3 22:54
就是这样的  过两天我会专门发一个测试帖子说明原因

期待,我现在把一张2080拆下来装到另外的机子上去了,不然挂在目前的机子纯粹浪费!一张卡跑得比两张卡还快得多!

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发表于 2019-8-3 23:31:37 | 显示全部楼层
2080的机器只用单卡看看,也有可能是并行效率的问题

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 楼主| 发表于 2019-8-3 23:44:27 | 显示全部楼层
biogon 发表于 2019-8-3 23:31
2080的机器只用单卡看看,也有可能是并行效率的问题

试了,单卡效率能到80%以上,双卡的话,每个卡都不到40%,所以已经拆卡装到别的机子了。

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发表于 2019-8-3 23:45:44 | 显示全部楼层
qinzhong605 发表于 2019-8-3 23:44
试了,单卡效率能到80%以上,双卡的话,每个卡都不到40%,所以已经拆卡装到别的机子了。

那就是并行效率不行,可以两个卡装一个机器分别跑不同任务

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Level 3 能力者

发表于 2019-8-4 04:06:39 | 显示全部楼层
楼主,你第一台用GPU跑的同时,CPU也可以跑任务吗?GPU和CPU同时跑的话,会不会互相影响速度?

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 楼主| 发表于 2019-8-4 11:56:30 | 显示全部楼层
搞理论的 发表于 2019-8-4 04:06
楼主,你第一台用GPU跑的同时,CPU也可以跑任务吗?GPU和CPU同时跑的话,会不会互相影响速度?

有一定影响,可能是我代码的原因。高手应该不存在这个问题吧。不过两个这么打工了显卡塞在一个机箱里,散热需要好好考虑!

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发表于 2019-8-4 14:48:59 来自手机 | 显示全部楼层
qinzhong605 发表于 2019-8-4 11:56
有一定影响,可能是我代码的原因。高手应该不存在这个问题吧。不过两个这么打工了显卡塞在一个机箱里,散 ...

我在考虑的是装了显卡之后可以用gpu跑,或许速度有所增加,但是如果原有cpu完全被废掉了,那性价比就打了折扣了,毕竟cpu也不便宜

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发表于 2019-8-4 23:59:17 | 显示全部楼层
搞理论的 发表于 2019-8-4 14:48
我在考虑的是装了显卡之后可以用gpu跑,或许速度有所增加,但是如果原有cpu完全被废掉了,那性价比就打了 ...

纯GPU运行的程序不需要很好的CPU的
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