请教如何设置E5-2678v3*2 + GeForce RTX 2080 *2和 I5-9600K +RTX2060

qinzhong605 · 发表于 Post on 2019-8-3 13:59:11

请教一下大家，跑gromacs2019.03，参考了社长的硬件配置推荐，配置了两台电脑，分别是XEON E5-2678v3*2 + GeForce RTX 2080 *2 （-nt 24 -pin on），64G内存，和 I5-9600K +RTX2060(-nt 6 -pin on)，16G内存；两者均是固态硬盘。系统是centos7.6的X64，都按照社长的帖子来安装，并设置用了GPU加速，测试同一个小的任务（160多个氨基酸片段的蛋白和2万多个水分子，），前者需要时间是7h30min，后者需要时间是8h30min，是哪里没设置对？貌似前者性价比很低啊。哪位大神能解疑一下呢？
在群里问了几次了，是不是问题太过于泛泛还是太简单了，没有大神愿意回答，因此论坛发帖子请教一下大家有什么好的建议没？第一次发帖子，如果有什么不对，请多多包涵！

倪宇晴 · 发表于 Post on 2019-8-3 14:27:58

本帖最后由倪宇晴于 2019-8-3 14:31 编辑

少给几个核心试试，我的1070Ti就是18核性能到70%，36核才60%左右。

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-8-3 16:47:20

最好不要用两块GPU跑一个作业，这样会在数据传输上损失一部分性能，同样的道理CPU核心也不要给太多

qinzhong605 · 发表于 Post on 2019-8-3 16:59:11

倪宇晴发表于 2019-8-3 14:27
少给几个核心试试，我的1070Ti就是18核性能到70%，36核才60%左右。

非常谢谢建议！我试试，一般给多少核心好一些呢？

qinzhong605 · 发表于 Post on 2019-8-3 17:00:43

fhh2626 发表于 2019-8-3 16:47
最好不要用两块GPU跑一个作业，这样会在数据传输上损失一部分性能，同样的道理CPU核心也不要给太多

的确两个gpu跑一个任务比一个gpu还慢，那么实际应用过程，能否实现，可以怎么设定同时跑两个任务，每个任务分别指定其中的一个GPU呢？

bobosiji · 发表于 Post on 2019-8-3 18:26:04

qinzhong605 发表于 2019-8-3 17:00
的确两个gpu跑一个任务比一个gpu还慢，那么实际应用过程，能否实现，可以怎么设定同时跑两个任务，每个任 ...

看mdrun的help文档 -gpu_id ?

ggdh · 发表于 Post on 2019-8-3 22:54:28

就是这样的过两天我会专门发一个测试帖子说明原因

qinzhong605 · 发表于 Post on 2019-8-3 23:08:39

ggdh 发表于 2019-8-3 22:54
就是这样的过两天我会专门发一个测试帖子说明原因

期待，我现在把一张2080拆下来装到另外的机子上去了，不然挂在目前的机子纯粹浪费！一张卡跑得比两张卡还快得多！

biogon · 发表于 Post on 2019-8-3 23:31:37

2080的机器只用单卡看看，也有可能是并行效率的问题

qinzhong605 · 发表于 Post on 2019-8-3 23:44:27

biogon 发表于 2019-8-3 23:31
2080的机器只用单卡看看，也有可能是并行效率的问题

试了，单卡效率能到80%以上，双卡的话，每个卡都不到40%，所以已经拆卡装到别的机子了。

biogon · 发表于 Post on 2019-8-3 23:45:44

qinzhong605 发表于 2019-8-3 23:44
试了，单卡效率能到80%以上，双卡的话，每个卡都不到40%，所以已经拆卡装到别的机子了。

那就是并行效率不行，可以两个卡装一个机器分别跑不同任务

搞理论的 · 发表于 Post on 2019-8-4 04:06:39

楼主，你第一台用GPU跑的同时，CPU也可以跑任务吗？GPU和CPU同时跑的话，会不会互相影响速度？

qinzhong605 · 发表于 Post on 2019-8-4 11:56:30

搞理论的发表于 2019-8-4 04:06
楼主，你第一台用GPU跑的同时，CPU也可以跑任务吗？GPU和CPU同时跑的话，会不会互相影响速度？

有一定影响，可能是我代码的原因。高手应该不存在这个问题吧。不过两个这么打工了显卡塞在一个机箱里，散热需要好好考虑！

搞理论的 · 发表于 Post on 2019-8-4 14:48:59

qinzhong605 发表于 2019-8-4 11:56
有一定影响，可能是我代码的原因。高手应该不存在这个问题吧。不过两个这么打工了显卡塞在一个机箱里，散 ...

我在考虑的是装了显卡之后可以用gpu跑，或许速度有所增加，但是如果原有cpu完全被废掉了，那性价比就打了折扣了，毕竟cpu也不便宜

biogon · 发表于 Post on 2019-8-4 23:59:17

搞理论的发表于 2019-8-4 14:48
我在考虑的是装了显卡之后可以用gpu跑，或许速度有所增加，但是如果原有cpu完全被废掉了，那性价比就打了 ...

纯GPU运行的程序不需要很好的CPU的

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