钙调素模拟位置问题

mjluan · 发表于 Post on 2019-8-23 15:14:54

请问老师，做培训讲义上钙调素（2BBM）的模拟的时候，有几个问题想请教一下老师：1.发现钙离子相对于蛋白质一直非常稳定，但是在模拟过程中并没有对这种位置关系进行限制，请问老师，这是基于什么原理呢
2.发现2BBM.pdb文件中的CONNECT信息中有连接钙离子和蛋白原子，所以我把CONNECT信息都删除了，发现模拟过程中钙离子的位置还是没有发生变化，CA和NA都属于离子，为什么会有如此差异呢？
3.如果想要测试一下别的金属离子会像钙离子一样，可以直接在pdb文件中替换CA嘛？
谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-23 16:29:55

1 因为周围一堆残基上的氧的负电荷对Ca的稳定化作用很强
2 Ca是二价离子，静电作用强度显然高于Na，更何况Ca一开始就是在作用位点上（那个位置及附近静电势相当负）
CONNECT完全不影响pdb2gmx及之后任何模拟，删不删完全没区别
3 可以

mjluan · 发表于 Post on 2019-8-23 18:30:36

sobereva 发表于 2019-8-23 16:29
1 因为周围一堆残基上的氧的负电荷对Ca的稳定化作用很强
2 Ca是二价离子，静电作用强度显然高于Na，更何况 ...

非常感谢老师，醍醐灌顶！

mjluan · 发表于 Post on 2019-8-23 21:03:19

sobereva 发表于 2019-8-23 16:29
1 因为周围一堆残基上的氧的负电荷对Ca的稳定化作用很强
2 Ca是二价离子，静电作用强度显然高于Na，更何况 ...

老师我还有一个问题，我是用charmm36力场做的，我把pdb文件中的CAL替换成了MG没有报错可以运行，但是换成ZN的时候却报错了Fatal error:Residue 'ZN' not found in residue topology database
我检查了charmm36-nov2018的ions.itp,发现确实是有对锌离子的定义
[ moleculetype ]
; molname nrexcl
ZN 1

[ atoms ]
; id at type res nr residu name at name cg nr charge
1 ZN 1 ZN ZN 1 2

请问老师这是什么原因呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-23 22:21:37

mjluan 发表于 2019-8-23 21:03
老师我还有一个问题，我是用charmm36力场做的，我把pdb文件中的CAL替换成了MG没有报错可以运行，但是换成 ...

必须在rtp文件里有ZN的定义，用pdb2gmx的时候才能读

mjluan · 发表于 Post on 2019-8-24 11:00:59

sobereva 发表于 2019-8-23 22:21
必须在rtp文件里有ZN的定义，用pdb2gmx的时候才能读

谢谢老师！

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