请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 391|回复: 3

[Gaussian/gview] 一些ONIOM(QM:MM)算蛋白质-配体复合物的例子

[复制链接]

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
45935

管理员

公社社长

发表于 2019-8-27 21:16:09 | 显示全部楼层 |阅读模式
J. Chem. Inf. Model. 2019, 59, 3389−3399这篇文章里通过ONIOM(QM:MM)对6种氢键相互作用的蛋白质-配体复合物进行了优化,证明低解析度X光衍射晶体结构里经常由于重原子位置不准而没有把该出现的氢键正确描述出来。补充材料里给了文中用到的Gaussian的ONIOM的输入文件,想做类似计算的ONIOM初学者可以参考一下

ci9b00258_si_001.zip (571.74 KB, 下载次数: 24)
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群,1号:18616395,2号:466017436。达5000人,专门交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

108

帖子

0

威望

610

eV
积分
718

Level 4 (黑子)

发表于 2019-8-31 18:36:19 来自手机 | 显示全部楼层
谢谢sob老师推荐。

100

帖子

0

威望

633

eV
积分
733

Level 4 (黑子)

发表于 2019-9-8 10:37:40 | 显示全部楼层
谢谢老师 推荐,SI 给出了GJF 确实很不错,一般都是画一个结构~
上海交通大学计算化学与分子生物信息实验室
Shanghai JiaoTong University
Computational Chemistry and Molecular Bioinformatics Laboratory

76

帖子

0

威望

193

eV
积分
269

Level 3 能力者

发表于 2019-9-8 13:34:49 | 显示全部楼层
谢谢sob大神!Gaussian的oniom在补参数的时候就是有些麻烦,而且有时候会有错误:
(1) Gaussian会参考AMBER96力场对原子类型进行指认,但是这个指认有时候都会出现错误。
(2) 一般也是缺参数补参数,96力场和gaff力场原则上可以通用(gaff力场其实和99力场更通用,这两套都是同一个课题组开发的)。但是Gaussian缺二面角参数时从来不报错,这就有点麻烦了。
(3) 当然最后我们还得重新拟合电荷参数,不过这是常规步骤。只是具体分子大了之后还得一个一个写进去,还得需要写一些脚本。
所以我觉得Gaussian基于ONIOM的QM/MM还是有很大的问题。
其实最好的做法是基于AMBER的leap组建来产生top文件,Gaussian可以读这个top文件获取力场参数,这样就省去很多烦恼和不必要的错误。如果有人愿意做这么个事情也算是造福学术界了。
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2019-9-22 08:24 , Processed in 0.150279 second(s), 26 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表