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[综合交流] 请问计算蛋白质和水环境中底物的pka的方法

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我的底物有三个环己烷还连着辅酶A,是一个比较大的分子,已经加完水做完平衡了,想请教各位老师计算底物在周围蛋白和水环境下的pka的方法

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发表于 Post on 2019-8-30 20:54:52 | 只看该作者 Only view this author
要求不高的情况直接用PROPKA 3.1,蛋白质残基和配体的pka都会给你,但是这样的结果很粗略。

严格的话需要做TI/FEP之类的计算,很麻烦

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-31 16:29:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-30 20:54
要求不高的情况直接用PROPKA 3.1,蛋白质残基和配体的pka都会给你,但是这样的结果很粗略。

严格的话需 ...

谢谢sob老师

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