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[GROMACS] 使用GMX进行蛋白多肽结合的动力学模拟,RMSD图跳动很大是什么原因?

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本人使用ZDOCK进行了多肽和蛋白的对接,然后使用GMX对对接结果进行优化,使用的是GROMOS96 43a1力场,SPC水模型,最后进行成品MD 100ns,将结果进行分析时,发现RMSD跳动特别大,如图所示,请问这是什么原因呢?

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发表于 Post on 2019-9-19 15:26:10 | 只看该作者 Only view this author
看看是否模拟过程中由于体系跨越盒子边界导致蛋白坐标突变
记得算RMSD之前要先做align
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-19 18:48:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-19 15:26
看看是否模拟过程中由于体系跨越盒子边界导致蛋白坐标突变
记得算RMSD之前要先做align

谢谢社长,新手一个,没做align,我先去学学如何做align

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