关于60-peptide assembly的模拟原子距离问题

不是兔纸不是猫 · 发表于 Post on 2019-9-19 15:57:25

本帖最后由不是兔纸不是猫于 2019-9-24 15:20 编辑

老师好！我现在想做一个60-peptide assembly的模拟，然后我想问 -dist 1 1 1这里我应该根据什么来修改，使得原子之间的距离比较合适，我在vmd中打开图像，还是不会看是否距离合适，请问老师有没有什么教程之类的让我可以参考，谢谢老师！
# 2. Build box by genconf
gmx_mpi genconf -f 1AKI_monomer.gro -nbox 3 4 5 -o 1AKI_processed_pre.gro -dist 1 1 1 -renumber

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-19 16:11:57

我不知道你对初始结构有无什么特殊要求，如果没有特别的要求，就用packmol就行了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

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