谈谈18碳环的几何结构和电子结构

youyno · 发表于 Post on 2019-9-20 20:40:36

本帖最后由 youyno 于 2019-9-20 22:05 编辑

其实各个方法下都可以优化出D9h和D18h，利用内坐标的形式去定义就好。相反我觉得通过不同方法自由优化得到的结构，反过来去说某某方法下不能优化出某种结构是有问题的。两种结构能量差本来就很小，或者说本身就是共振式。

Shine剪水 · 发表于 Post on 2019-9-20 21:41:45

beefly 发表于 2019-9-20 08:27
DFT算6以内的环状分子还可以，大环分子太柔软，DFT往往不靠谱。正在算7元环、8元环，其中极小点、过渡态都 ...

能展开讲讲“大环分子太柔软，DFT往往不靠谱”的原因吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-21 00:32:49

youyno 发表于 2019-9-20 20:40
其实各个方法下都可以优化出D9h和D18h，利用内坐标的形式去定义就好。相反我觉得通过不同方法自由优化得到 ...

JCP 2008年文章有专门讨论，包括能量差

对于wB97XD，初始结构摆成D18h优化后是有下降成D9h的虚频的。不同级别下极小点结构所属点群不一样，文中说某个级别算出来是xxx结构都是指的这是无虚频的极小点结构。

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-21 00:34:34

niobium 发表于 2019-9-20 19:45
社长方便分享一下体系的坐标不

fch文件在文章里已经提供了

beefly · 发表于 Post on 2019-9-21 07:49:32

Shine剪水发表于 2019-9-20 21:41
能展开讲讲“大环分子太柔软，DFT往往不靠谱”的原因吗？

多元环有很多局域极小点和相邻的过渡态，能量差很小，有些驻点用DFT得不到，或者极小点/过渡态的定性判断是错的

Shine剪水 · 发表于 Post on 2019-9-21 08:56:42

beefly 发表于 2019-9-21 07:49
多元环有很多局域极小点和相邻的过渡态，能量差很小，有些驻点用DFT得不到，或者极小点/过渡态的定性判断 ...

明白啦谢谢您

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-22 07:12:29

发现之前文中我算的B2PLYP-D3数据有误，重算后发现键长相同。表明双杂化算这个体系和MP2一样也不靠谱。文中的数据已更新
并且发现science文章作者做的HSE计算可能是错的，我用g16的HSE06算出来键长明明是相同的，和作者的计算结果完全不符。不晓得作者的FHI-aims计算有什么猫腻。

granvia · 发表于 Post on 2019-9-22 10:55:51

sobereva 发表于 2019-9-22 07:12
发现之前文中我算的B2PLYP-D3数据有误，重算后发现键长相同。表明双杂化算这个体系和MP2一样也不靠谱。文中 ...

也许找到的是局域极小点？

pyscf · 发表于 Post on 2019-10-16 03:42:10

别折腾了，手快的已经做完发表了
10.1021/acs.jpclett.9b02815

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-16 05:31:36

pyscf 发表于 2019-10-16 03:42
别折腾了，手快的已经做完发表了
10.1021/acs.jpclett.9b02815

昨天就已经看了，文章相当粗糙，惊讶的是JPCL审稿人这么容易就把这篇文章放过了。不久后我就会把我得18碳环文章扔到chemrxiv上去（其实半个月前数据就都已经搞完了），内容远比这篇文章丰富

风飞 · 发表于 Post on 2019-12-3 22:25:07

卡开发发发表于 2019-9-20 15:36
假定静态关联不是那么强，纯泛函又算不好，那架在基底上面做计算也就不是一件容易的事情，要是把上次的HL ...

我试了一些气体分子的吸附，优化结束后，发现这些小分子都跑到了环中心去了，也不知这个有啥有意义没？

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-4 04:41:51

风飞发表于 2019-12-3 22:25
我试了一些气体分子的吸附，优化结束后，发现这些小分子都跑到了环中心去了，也不知这个有啥有意义没？

分子在环中心，可以受到周围所有原子的范德华吸引作用，因此这个地方最稳定

granvia · 发表于 Post on 2019-12-4 13:04:47

sobereva 发表于 2019-9-22 07:12
发现之前文中我算的B2PLYP-D3数据有误，重算后发现键长相同。表明双杂化算这个体系和MP2一样也不靠谱。文中 ...

有没有考虑其它的双杂化泛函？也许比B2PLYP-D3更适合当前体系

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-4 14:12:29

granvia 发表于 2019-12-4 13:04
有没有考虑其它的双杂化泛函？也许比B2PLYP-D3更适合当前体系

其它的也试过，不灵。包括MP2对这个体系也是失败的

granvia · 发表于 Post on 2019-12-5 17:29:12

sobereva 发表于 2019-12-4 14:12
其它的也试过，不灵。包括MP2对这个体系也是失败的

现在大家动作都很快：https://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2019/CC/C9CC08399E#!divAbstract

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