Materials Studio 7.0至2017版本常见使用方法，数据分析长期答疑贴

胡佳宏

老师您好，请问一下就是在计算布居数的时候，之前选取的晶胞3*1*1是正常的，但是最近重新计算的时候只用单个原胞计算时结果文件中没有布居数了，截断能调整精度试过了也不可以，结构模型是我在findit里面下载的，并且之前的计算一直使用了这个模型，请您帮忙解答一下下   

h840473807

请问CASTEP的SCF不收敛，出现能量振荡怎么解决？结构是已经用VASP优化收敛了的，CASTEP中设置如图
@jiewei

GSRush

Dear all!

Can some one send me norm-conserving pseudopotential file for praseodymium which i can you in CASTEP?

Sincerely,
Aleksandr.

SAI

各位老师，最近在服务器装的MS2017R2现遇到一个问题：提交任务后能正常运行，但几分钟后自己电脑上会报任务失败，服务器端仍在计算。网络经测试无问题，请问是配置的问题吗？

SAI

@jiewei
老师，请问dmol3里面的density mixing 和DIIS是相关联的吗？ 我现在体系把DIIS和smearing都去掉，能收敛了。但是density mixing那里的charge和spin我还用的默认的0.2和0.5， 这两个参数会影响能量的计算吗？是不是要调成0为好？

SAI

jiewei 发表于 2015-7-20 18:27
这个我只是知道这个模块，具体还没有操作过。因为直接用高斯进行计算是一样的。
你MS的模型建好后保存为 ...

不好意思，上一条好像没有at到，重复发帖了
老师，请问dmol3里面的density mixing 和DIIS是相关联的吗？ 我现在体系把DIIS和smearing都去掉，能收敛了。但是density mixing那里的charge和spin我还用的默认的0.2和0.5， 这两个参数会影响能量的计算吗？是不是要调成0为好？

卡开发发

SAI 发表于 2019-5-13 21:35
不好意思，上一条好像没有at到，重复发帖了
老师，请问dmol3里面的density mixing 和DIIS是相关联的吗？  ...

可以参考http://sobereva.com/61。
1、smearing对于分子体系没必要使用，固体计算原则上也不应该使用过大，会影响计算结果。
2、density mixing和DIIS原则上只影响SCF迭代收敛的效果。density mixing的定义是将前后两步的给定的电荷密度或自旋密度进行混合（这个混合的比例也就对应着你设置的charge和spin的值）来减轻振荡加速迭代，所以设置到0完全无意义，对于特定体系（与gap有关）density mixing的值需要足够小才能够使SCF迭代收敛，但过小的density mixing值有可能会导致收敛速度过慢。
3、DIIS作用也是加速迭代，但个别比较病态的体系有可能关闭比开启要更不稳定，不过通常这是极少数情况。

SAI

卡开发发 发表于 2019-5-13 23:03
可以参考http://sobereva.com/61。
1、smearing对于分子体系没必要使用，固体计算原则上也不应该使用过大 ...

谢谢老师的解答！ 我算的是表面吸附体系，因为涉及到charge transfer和吸附能的计算，担心这里会受影响。 另外，我想以比较稳定的吸附构型为起点，去寻找后续分解的过渡态，而dmol3的过渡态搜索使用的LST/QST方法似乎必须要生成物的构型；之前用gaussian算分子体系的时候一般都不这么做，请问dmol3能像高斯那样直接优化过渡态吗？或者在设置生成物的初始构型时有没有什么技巧？

卡开发发

SAI 发表于 2019-5-13 23:15
谢谢老师的解答！ 我算的是表面吸附体系，因为涉及到charge transfer和吸附能的计算，担心这里会受影响。 ...

上面这两个参数原则上不会影响，至于smearing应当注意，会影响能量和导数。
如果要类似于Gaussian做TS那就是直接TS opt：这个过程可以猜测一个过渡态算partial Hessian，然后选择沿着反应方向振动模式来做TS opt即可，算法肯定比Gaussian差一些。LST/QST只是实在猜不到过渡态构型的话才考虑使用，来生成一个接近过渡态的构型。

SAI

卡开发发 发表于 2019-5-14 00:24
上面这两个参数原则上不会影响，至于smearing应当注意，会影响能量和导数。
如果要类似于Gaussian做TS那 ...

非常感谢您的讲解！

SAI

卡开发发 发表于 2019-5-14 00:24
上面这两个参数原则上不会影响，至于smearing应当注意，会影响能量和导数。
如果要类似于Gaussian做TS那 ...

老师，今天我尝试了一下TS opt，我把结构调整到可能的过渡态构型，这个时候是否必须要对此结构算partial hessian（选择气体分子以及表面吸附位点附近的原子），然后选择虚频模式来做TS opt？ 不能直接从构型开始做TS opt，对吗

卡开发发

SAI 发表于 2019-5-14 15:52
老师，今天我尝试了一下TS opt，我把结构调整到可能的过渡态构型，这个时候是否必须要对此结构算partial  ...

Hessian肯定要，EF方法的原理需要跟踪一个振动模式，Gaussian里面一般也要CalcFC。

1130240115

老师，有个小问题想请教一下：

使用MS的dmol3模块进行几何构型优化，如果在windows系统下，结构优化后会自动更新.xsd和.xtd文件，但我在Linux系统下进行计算，发现提交任务后.xsd和.xtd文件都不会自动更新。请问我用什么命令能让.xsd和.xtd文件自动更新？

逝去难追

请问ms怎么截取某一个面的差分电荷图呢？ 我用ms计算了一个体系的的差分电荷 需要其111面的差分电荷图 但是用slice 没法确定slice 是111面

SAI

卡开发发 发表于 2019-5-14 16:28
Hessian肯定要，EF方法的原理需要跟踪一个振动模式，Gaussian里面一般也要CalcFC。

老师，我选中部分原子建立HessianAtoms这样一个set后计算partial hessian,但是任务一开始就直接报错：Warning: Input k points are used for computing vibrational frequencies
They must contain full non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
Warning: kpoints file must contain full - non-symmetrized set for vibrations, no check is applied

Warning: Hessian file is not present for requested vibrational restart.

Warning: Existing Hessian file deleted.
这样是要怎么修改呢？