Materials Studio 7.0至2017版本常见使用方法，数据分析长期答疑贴

卡开发发 · 发表于 Post on 2019-5-30 10:49:19

SAI 发表于 2019-5-30 10:39
老师，我选中部分原子建立HessianAtoms这样一个set后计算partial hessian,但是任务一开始就直接报错：War ...

这些不是报错信息，只是Warning，如果计算程序退出的话，再往后找找，应该还有别的信息。

SAI · 发表于 Post on 2019-5-30 12:09:36

卡开发发发表于 2019-5-30 10:49
这些不是报错信息，只是Warning，如果计算程序退出的话，再往后找找，应该还有别的信息。

再往后他就结束了...这是软件的问题吗？

Warning: Hessian file is not present for requested vibrational restart.

Warning: Existing Hessian file deleted.

DMol3.pl message: DMol3 job finished in 0 hr 0 min 2 sec.

卡开发发 · 发表于 Post on 2019-5-30 12:36:19

SAI 发表于 2019-5-30 12:09
再往后他就结束了...这是软件的问题吗？

完整out发来瞧瞧

Accelerator · 发表于 Post on 2019-6-10 14:37:05

请问如何建立拓扑缺陷的石墨烯模型(例如石墨烯结构中部分六元环换成五元环)？从石墨烯原始结构修改的方法非常困难，是否有较好的办法？

fsh · 发表于 Post on 2019-6-22 00:14:42

本帖最后由 fsh 于 2019-7-6 11:29 编辑

@ jiewei
老师，请问下，在MS7.0的DFTB+模块中进行结构优化任务，优化结束后，在输出文件的.dftb文件中出现如下图所示的结果：
显示结构优化步数零步，但实际上计算任务是提示成功的，优化的步数也不是零步，这是MS7.0的DFTB+模块正常的输出吗？还有一个图二中的WARNING是什么原因呢，有什么办法能消除这个WARNING呢？

zzm925427892 · 发表于 Post on 2019-6-27 19:42:16

老师，请问一下，异质结构如何CASTEP计算Bandoffset和band alignment ，万分感谢。是不是MS没有办法得到Pband，就是不同层对异质结构能隙的贡献。谢谢

Poe · 发表于 Post on 2019-7-10 09:09:42

老师，我用MS的polymorph模块预测堆积一个分子的晶胞结构，结果与实验晶胞数据对比后，相似度只有53%，请问老师我该怎样调整参数提高相似度呢？

Tanmin · 发表于 Post on 2019-7-11 10:45:14

本帖最后由 Tanmin 于 2019-7-11 10:53 编辑

@jiewei
老师您好，最近我在采用MS 中Castep模块计算Raman时，计算结束，分析得到Raman谱时显示如下

检查castep文件发现有一个warning如下：

计算修改输入文件中这个值，再进行计算，不知可否？
相关文件以附件上传如下：

2.zip (32.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

1.zip (216.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

ChaosChiao · 发表于 Post on 2019-8-22 17:31:37

老师您好，请问如何建立一个比较大的周期性的粗粒化模型？

Hassan · 发表于 Post on 2019-9-23 10:00:23

您好，jiewei老师，我有一个优化好的两分子团簇的.xyz文件，想要在MS中将它添加到AL2O3的100表面，现在已经建好AL2O3（100），如何插入这个.xyz文件，并且保证团簇内部结构不动，整体在晶体表面移动放置呢？@@jiewei

卡开发发 · 发表于 Post on 2019-9-23 10:09:59

Hassan 发表于 2019-9-23 10:00
您好，jiewei老师，我有一个优化好的两分子团簇的.xyz文件，想要在MS中将它添加到AL2O3的100表面，现在已经 ...

1、xyz在MS能够识别，所以在MS打开文件或拖动到MS窗口就能打开。
2、有了Al2O3的模型之后，把xyz的模型粘贴过来就行。
3、团簇被选中的情况下按shit+鼠标中键拖曳就可以只拖动选中部分。

Hassan · 发表于 Post on 2019-9-23 10:11:20

卡开发发发表于 2019-9-23 10:09
1、xyz在MS能够识别，所以在MS打开文件或拖动到MS窗口就能打开。
2、有了Al2O3的模型之后，把xyz的模型 ...

非常感谢卡神的及时回复~~笔芯

Hassan · 发表于 Post on 2019-9-23 10:17:33

Hassan 发表于 2019-9-23 10:11
非常感谢卡神的及时回复~~笔芯

卡神，一个.xyz文件里面有好几帧结构，但是MS打开后只能看到第一帧，怎么查看其它帧呢？手动拆开吗？

卡开发发 · 发表于 Post on 2019-9-23 12:36:36

Hassan 发表于 2019-9-23 10:17
卡神，一个.xyz文件里面有好几帧结构，但是MS打开后只能看到第一帧，怎么查看其它帧呢？手动拆开吗？

不大的话发来看看，大的话传网盘给个地址，写给你个脚本转成arc格式MS应该能打开。

Hassan · 发表于 Post on 2019-9-23 15:09:16

本帖最后由 Hassan 于 2019-9-23 15:12 编辑

卡开发发发表于 2019-9-23 12:36
不大的话发来看看，大的话传网盘给个地址，写给你个脚本转成arc格式MS应该能打开。

哇~谢谢卡神，不过Jmol可以打开并逐帧查看结构

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