请教交联聚合物拓扑文件中原子电荷的问题

naoki · 发表于 Post on 2019-9-25 22:06:00

大家好，我想做间苯二胺和均苯三甲酰氯反应得到的交联聚酰胺（常见反渗透膜活性层）结构的模拟。之前在论坛上发帖提问关于Polymatic建模的问题（http://bbs.keinsci.com/thread-14023-1-1.html），Sob老师和EdwardLimit大神都给予了很大的帮助，让我得以建出了交联聚酰胺的模型。就是下面这一坨玩意儿。。。。

现在准备用GROMACS对其进行动力学平衡，实现结构的优化。之前我跑GROMACS都是小分子体系，能够使用一些工具制作拓扑文件（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html），但不能很好地处理这种交联聚合物。我是想着通过mktop获取该聚合物在OPLS-AA下的力场参数，电荷用RESP电荷（有文献报道这种交联聚酰胺用polymatic建模后电荷由Gaussian拟合得到）。然后我就构建了包含几个单体的寡聚物（如下），按Sob老师的帖子拟合RESP电荷（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）但是我不知道如何将这个寡聚物拟合的RESP对应到聚合物拓扑文件里的每个原子上，也不知道能不能这样搞，特来向大家请教请教一下，有没有合理构建这种拓扑的最佳方案。有点啰嗦，谢谢大家。

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-25 22:14:14

这么弄电荷没问题，至于怎么赋值到那些原子上，得看拓扑文件怎么整的。如果原子顺序和你的单体一致，写个脚本，通过判断残基，把对应的原子电荷按顺序补到原子电荷那一列即可。

naoki · 发表于 Post on 2019-9-25 22:39:12

sobereva 发表于 2019-9-25 22:14
这么弄电荷没问题，至于怎么赋值到那些原子上，得看拓扑文件怎么整的。如果原子顺序和你的单体一致，写个脚 ...

谢谢Sob老师的回复，因为我这个不是线性的高分子，是有分叉结构的交联体系，原子顺序都没遵从什么规律。。。单体也是我按照包含所有可能化学环境这个想法画出来的，所以感觉没法对上。。。您还有什么法子吗

紫丹渡津 · 发表于 Post on 2019-9-25 23:56:53

本帖最后由紫丹渡津于 2019-9-26 00:19 编辑

先将你的结构单元细分，比如支化单元，线性单元和末端单元，这样每种单元都会有固定的原子顺序，然后用脚本填入电荷就可以了。

细分要在构建体系之前就做好，比如用polymatic的时候，将不同比例的细分单元pack到盒子里，然后聚合。我记得polymatic输出的lammps data file原子是乱续的，sort一下，然后按照细分单元的种类填入电荷(在用polymatic的时候可以将非反应原子的电荷设置为0以加快聚合反应)。

naoki · 发表于 Post on 2019-9-26 09:02:32

紫丹渡津发表于 2019-9-25 23:56
先将你的结构单元细分，比如支化单元，线性单元和末端单元，这样每种单元都会有固定的原子顺序，然后用脚本 ...

谢谢您的指点！我去试试看

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2019-9-26 13:11:25

本帖最后由 yjmaxpayne 于 2019-9-26 13:14 编辑

建议上x2top，原子用特殊命名法命名好，一个原子名对应一种力场类型，然后再定义好键长。另外一种办法，就是放到MS里面用其他力场（接近oplsaa形式以及原子类型命名规则的）type一下，输出car和mdf，然后通过vmd的topotools输出top文件，但是输出后得改很多地方。
还有就是直接定义好电荷（同样可以通过MS或者VMD来进行）后，输出mol2, 然后硬上acpype，可能耗时会比较久一些。

tjuptz · 发表于 Post on 2019-9-30 11:57:28

请问楼主，polymatic给出的交联结构中不是按照残基排序的吗？

naoki · 发表于 Post on 2019-10-3 22:36:07

tjuptz 发表于 2019-9-30 11:57
请问楼主，polymatic给出的交联结构中不是按照残基排序的吗？

之前我搞错了，是按照残基排序的。。。

tjuptz · 发表于 Post on 2019-10-4 06:51:30

naoki 发表于 2019-10-3 22:36
之前我搞错了，是按照残基排序的。。。

那就用pdb2gmx就可以获得top文件了

naoki · 发表于 Post on 2019-10-6 22:15:16

tjuptz 发表于 2019-10-4 06:51
那就用pdb2gmx就可以获得top文件了

是不是要先像苏玖染兄弟说的那样用specbond.dat形成特殊键就可以了呀

tjuptz · 发表于 Post on 2019-10-7 07:15:38

naoki 发表于 2019-10-6 22:15
是不是要先像苏玖染兄弟说的那样用specbond.dat形成特殊键就可以了呀

对的吧。另外，我也想生成你这样的聚合物，应该如何快速入门lammps呢？

naoki · 发表于 Post on 2019-10-31 19:56:19

yjmaxpayne 发表于 2019-9-26 13:11
建议上x2top，原子用特殊命名法命名好，一个原子名对应一种力场类型，然后再定义好键长。另外一种办法，就 ...

谢谢大佬，我现在开始尝试硬上acpype了。。祝我好运

naoki · 发表于 Post on 2019-10-31 19:57:14

tjuptz 发表于 2019-10-7 07:15
对的吧。另外，我也想生成你这样的聚合物，应该如何快速入门lammps呢？

我用polymatic的时候感觉还好，不用特别需要LAMMPS技能

tjuptz · 发表于 Post on 2019-10-31 22:31:02

naoki 发表于 2019-10-31 19:57
我用polymatic的时候感觉还好，不用特别需要LAMMPS技能

好的，最近看了polymatic的手册，下面再搞搞lammps。另，祝好运

naoki · 发表于 Post on 2019-11-1 08:53:02

yjmaxpayne 发表于 2019-9-26 13:11
建议上x2top，原子用特殊命名法命名好，一个原子名对应一种力场类型，然后再定义好键长。另外一种办法，就 ...

您好，我用acpype的时候超过了它最大时常10小时，所以就自己终止了，请问有什么办法修改最大时长嘛，谢谢~

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