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[GROMACS] 请教交联聚合物拓扑文件中原子电荷的问题

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发表于 2019-9-25 22:06:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好,我想做间苯二胺和均苯三甲酰氯反应得到的交联聚酰胺(常见反渗透膜活性层)结构的模拟。之前在论坛上发帖提问关于Polymatic建模的问题(http://bbs.keinsci.com/thread-14023-1-1.html),Sob老师和EdwardLimit大神都给予了很大的帮助,让我得以建出了交联聚酰胺的模型。就是下面这一坨玩意儿。。。。 MPDPA.png
现在准备用GROMACS对其进行动力学平衡,实现结构的优化。之前我跑GROMACS都是小分子体系,能够使用一些工具制作拓扑文件(http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html),但不能很好地处理这种交联聚合物。我是想着通过mktop获取该聚合物在OPLS-AA下的力场参数,电荷用RESP电荷(有文献报道这种交联聚酰胺用polymatic建模后电荷由Gaussian拟合得到)。然后我就构建了包含几个单体的寡聚物(如下),按Sob老师的帖子拟合RESP电荷(http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html)但是我不知道如何将这个寡聚物拟合的RESP对应到聚合物拓扑文件里的每个原子上,也不知道能不能这样搞,特来向大家请教请教一下,有没有合理构建这种拓扑的最佳方案。有点啰嗦,谢谢大家。
RESP.png
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发表于 2019-9-25 22:14:14 | 显示全部楼层
这么弄电荷没问题,至于怎么赋值到那些原子上,得看拓扑文件怎么整的。如果原子顺序和你的单体一致,写个脚本,通过判断残基,把对应的原子电荷按顺序补到原子电荷那一列即可。
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 楼主| 发表于 2019-9-25 22:39:12 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-9-25 22:14
这么弄电荷没问题,至于怎么赋值到那些原子上,得看拓扑文件怎么整的。如果原子顺序和你的单体一致,写个脚 ...

谢谢Sob老师的回复,因为我这个不是线性的高分子,是有分叉结构的交联体系,原子顺序都没遵从什么规律。。。单体也是我按照包含所有可能化学环境这个想法画出来的,所以感觉没法对上。。。您还有什么法子吗

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发表于 2019-9-25 23:56:53 | 显示全部楼层
本帖最后由 紫丹渡津 于 2019-9-26 00:19 编辑

先将你的结构单元细分,比如支化单元,线性单元和末端单元,这样每种单元都会有固定的原子顺序,然后用脚本填入电荷就可以了。

细分要在构建体系之前就做好,比如用polymatic的时候,将不同比例的细分单元pack到盒子里,然后聚合。我记得polymatic输出的lammps data file原子是乱续的,sort一下,然后按照细分单元的种类填入电荷(在用polymatic的时候可以将非反应原子的电荷设置为0以加快聚合反应)。

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 楼主| 发表于 2019-9-26 09:02:32 | 显示全部楼层
紫丹渡津 发表于 2019-9-25 23:56
先将你的结构单元细分,比如支化单元,线性单元和末端单元,这样每种单元都会有固定的原子顺序,然后用脚本 ...

谢谢您的指点!我去试试看
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发表于 2019-9-26 13:11:25 | 显示全部楼层
本帖最后由 yjmaxpayne 于 2019-9-26 13:14 编辑

建议上x2top,原子用特殊命名法命名好,一个原子名对应一种力场类型,然后再定义好键长。 另外一种办法,就是放到MS里面用其他力场(接近oplsaa形式以及原子类型命名规则的)type一下,输出car和mdf,然后通过vmd的topotools输出top文件,但是输出后得改很多地方。
还有就是直接定义好电荷(同样可以通过MS或者VMD来进行)后,输出mol2, 然后硬上acpype,可能耗时会比较久一些。

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发表于 2019-9-30 11:57:28 | 显示全部楼层
请问楼主,polymatic给出的交联结构中不是按照残基排序的吗?

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 楼主| 发表于 2019-10-3 22:36:07 | 显示全部楼层
tjuptz 发表于 2019-9-30 11:57
请问楼主,polymatic给出的交联结构中不是按照残基排序的吗?

之前我搞错了,是按照残基排序的。。。
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发表于 2019-10-4 06:51:30 | 显示全部楼层
naoki 发表于 2019-10-3 22:36
之前我搞错了,是按照残基排序的。。。

那就用pdb2gmx就可以获得top文件了

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 楼主| 发表于 2019-10-6 22:15:16 | 显示全部楼层
tjuptz 发表于 2019-10-4 06:51
那就用pdb2gmx就可以获得top文件了

是不是要先像苏玖染兄弟说的那样用specbond.dat形成特殊键就可以了呀
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发表于 2019-10-7 07:15:38 | 显示全部楼层
naoki 发表于 2019-10-6 22:15
是不是要先像苏玖染兄弟说的那样用specbond.dat形成特殊键就可以了呀

对的吧。另外,我也想生成你这样的聚合物,应该如何快速入门lammps呢?

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 楼主| 发表于 2019-10-31 19:56:19 | 显示全部楼层
yjmaxpayne 发表于 2019-9-26 13:11
建议上x2top,原子用特殊命名法命名好,一个原子名对应一种力场类型,然后再定义好键长。 另外一种办法,就 ...

谢谢大佬,我现在开始尝试硬上acpype了。。祝我好运
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 楼主| 发表于 2019-10-31 19:57:14 | 显示全部楼层
tjuptz 发表于 2019-10-7 07:15
对的吧。另外,我也想生成你这样的聚合物,应该如何快速入门lammps呢?

我用polymatic的时候感觉还好,不用特别需要LAMMPS技能
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发表于 2019-10-31 22:31:02 | 显示全部楼层
naoki 发表于 2019-10-31 19:57
我用polymatic的时候感觉还好,不用特别需要LAMMPS技能

好的,最近看了polymatic的手册,下面再搞搞lammps。另,祝好运

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 楼主| 发表于 2019-11-1 08:53:02 | 显示全部楼层
yjmaxpayne 发表于 2019-9-26 13:11
建议上x2top,原子用特殊命名法命名好,一个原子名对应一种力场类型,然后再定义好键长。 另外一种办法,就 ...

您好,我用acpype的时候超过了它最大时常10小时,所以就自己终止了,请问有什么办法修改最大时长嘛,谢谢~
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