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[VMD] 求解距离,角度,二面角随时间变化以及分布的VMD脚本

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发表于 Post on 2019-10-1 14:39:24 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 ene 于 2020-12-2 14:24 编辑

2020-12-02更新:更新了脚本distance_distribution.tcl,将输出文件中的数据个数严格限定为脚本开头的nbins数值。
distance_distribution.tcl (1.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 406)

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张珂 + 4 谢谢
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xiaoche + 4 好物!
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a605723434 + 4
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Aridea + 5 GJ!
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YuhangYao + 5 谢谢
达斯维达尼亚 + 5 GJ!
ShangChien + 5 好物!
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DZW + 4
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发表于 Post on 2019-10-3 20:29:45 | 显示全部楼层 Show all
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Shanghai JiaoTong University
Computational Chemistry and Molecular Bioinformatics Laboratory

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发表于 Post on 2019-10-7 20:47:40 | 显示全部楼层 Show all
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发表于 Post on 2019-10-28 16:05:24 | 显示全部楼层 Show all
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发表于 Post on 2019-11-27 21:51:50 | 显示全部楼层 Show all
借楼请问老师,我们求某一温度下二面角分布概率已经有了解决办法,请问如何求在该二面角分布概率的基础上,求相应的势能图呢?

做出这样的对应

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由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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发表于 Post on 2019-11-28 02:32:36 | 显示全部楼层 Show all
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-11-27 21:51
借楼请问老师,我们求某一温度下二面角分布概率已经有了解决办法,请问如何求在该二面角分布概率的基础上, ...

势能曲线做个扫描就得到了
如果是自由能面图,把概率和自由能转换一下就有,参考
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73
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发表于 Post on 2019-11-28 08:00:04 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2019-11-28 02:32
势能曲线做个扫描就得到了
如果是自由能面图,把概率和自由能转换一下就有,参考
浅谈PCA与g_covar+g_a ...

谢谢老师!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-28 13:16:21 | 显示全部楼层 Show all
今日更新:求解各个数值对应的状态的自由能的脚本FE.tcl
FE.tcl (1.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 196)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-28 13:19:08 | 显示全部楼层 Show all
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-11-27 21:51
借楼请问老师,我们求某一温度下二面角分布概率已经有了解决办法,请问如何求在该二面角分布概率的基础上, ...

看8楼
我需要一些假日,但我不希望每天都是假日。因为我没有承担痛苦,因为那不是真正的自由。

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发表于 Post on 2019-11-28 18:30:45 | 显示全部楼层 Show all

谢谢您!
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发表于 Post on 2019-12-26 16:37:10 | 显示全部楼层 Show all
请问老师,我想求主链上所有的二面角(大概400个)随时间的变化情况,该如果提取呢?正常要是一个二面角我们可以通过VMD手动点出来,要是所有的二面角有什么好的方法呢?就是大批量处理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-26 16:57:10 | 显示全部楼层 Show all
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-12-26 16:37
请问老师,我想求主链上所有的二面角(大概400个)随时间的变化情况,该如果提取呢?正常要是一个二面角我 ...

想办法写脚本啊……自己看构成你要求的那些二面角的原子序号有没有什么规律,或者其他可以用vmd识别出来的特征,然后写个脚本遍历一遍挨个求解就完事了
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发表于 Post on 2019-12-26 20:05:18 | 显示全部楼层 Show all
我明白了,老师,谢谢您
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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发表于 Post on 2019-12-30 10:19:10 | 显示全部楼层 Show all
ene 发表于 2019-12-26 16:57
想办法写脚本啊……自己看构成你要求的那些二面角的原子序号有没有什么规律,或者其他可以用vmd识别出来 ...

请问老师,像vecsub vecscale 这种命令介绍在哪里能看?我看官网上tcl command里没有这些内容可以参考,这些命令应该哪里学呢?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-30 10:56:12 | 显示全部楼层 Show all
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-12-30 10:19
请问老师,像vecsub vecscale 这种命令介绍在哪里能看?我看官网上tcl command里没有这些内容可以参考, ...

VMD手册。
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