求解距离，角度，二面角随时间变化以及分布的VMD脚本

少年爱吃地三鲜

ene 发表于 2019-12-30 10:56
VMD手册。

找到了 非常感谢！

tjuptz

看来楼主大侠不是gmx用户，不然可以用gmx distance angle gangle

ene

tjuptz 发表于 2020-1-1 10:58
看来楼主大侠不是gmx用户，不然可以用gmx distance angle gangle

确实，我是忠实的NAMD用户

tjuptz

大侠，请教个问题，我看您的脚本里都没有用VMD自带的measure bond angle dihedral命令而是通过定义矢量来运算的。
我自己写一个脚本的时候想用measure bond来计算两个selection里的原子距离，提示measure bond: must specify exactly two atoms in a list，请问您是遇到了相同问题才用矢量运算的吗？

ene

tjuptz 发表于 2020-1-4 15:15
大侠，请教个问题，我看您的脚本里都没有用VMD自带的measure bond angle dihedral命令而是通过定义矢量来运 ...

是的。你去看VMD的手册，上面描述measure bond的时候是这样说的：Returns the distance of the two specified atoms。这条命令只能针对特定的两个原子，不可以是一个selection，对于angle和dihed也是一样的。所以我才写这套脚本。

tjuptz

ene 发表于 2020-1-4 15:46
是的。你去看VMD的手册，上面描述measure bond的时候是这样说的：Returns the distance of the two speci ...

其实，我是想遍历两个selection里每对原子的间距，我开始的想法是获得两个selection的原子index的列表L1和L2，再遍历列表，用measure bond $i $j测距，结果出现上述提示。已经改用您的方法了

ene

tjuptz 发表于 2020-1-4 15:56
其实，我是想遍历两个selection里每对原子的间距，我开始的想法是获得两个selection的原子index的列表L1 ...

这样的结果是因为你没理解measure bond这条命令需要什么类型的参数。手册里面说：The atoms are specified in form of a list of atom indexes。也就是 measure bond后面需要一个含有两个原子序号的列表作为参数。你可以看下面我写的的示例代码：

1. set a [atomselect top "protein and resid 1"]
   
2. set b [atomselect top "protein and resid 2"]
   
3. set l1 [$a get index]
   
4. set l2 [$b get index]
   
5. foreach ind $l1 {
   
6.     foreach ind2 $l2 {
   
7.         if {$ind != $ind2} {
   
8.             set tmp [list $ind $ind2]
   
9.             set result [measure bond $tmp]
   
10.             puts "$ind $ind2 $result"
    
11.         } else {
    
12.             puts "$ind $ind2 0"
    
13.         }
    
14.     }
    
15. }

复制代码

tjuptz

ene 发表于 2020-1-4 18:24
这样的结果是因为你没理解measure bond这条命令需要什么类型的参数。手册里面说：The atoms are specifie ...

不好意思，上次表述错了，我其实是用的列表作为参数给的，代码如下

1. foreach i $lc {
   
2.         set pair {}
   
3.         lappend $pair $i
   
4.         foreach j $ln {
   
5.                 lappend $pair $j
   
6.                 set result [measure bond $pair]
   
7.                 puts "$result"
   
8.         }
   
9. }

复制代码

ene

tjuptz 发表于 2020-1-4 21:03
不好意思，上次表述错了，我其实是用的列表作为参数给的，代码如下

……你犯了两个错误。首先，lappend的第一个参数不带$号。你如果要用你自己不熟悉的命令，建议先检索好怎么使用。
第二个，你不觉得你那循环写的有逻辑问题吗？你自己看你的第二个foreach，每循环一次，pair变量就会增加一个元素进去……
如果非得要用lappend，你得这么写：

1. foreach i $lc {
   
2.     foreach j $ln {
   
3.         set pair {}
   
4.         lappend pair $i
   
5.         lappend pair $j
   
6.         set result [measure bond $pair]
   
7.         puts "$i $j : $result"
   
8.     }
   
9. }
   

复制代码

tjuptz

ene 发表于 2020-1-4 22:11
……你犯了两个错误。首先，lappend的第一个参数不带$号。你如果要用你自己不熟悉的命令，建议先检索好怎 ...

谢谢老师耐心指点，确实用不熟悉的命令没研究透彻，以及这个逻辑确实有问题。学习了！

ccleng

sobereva 发表于 2019-11-28 02:32
势能曲线做个扫描就得到了
如果是自由能面图，把概率和自由能转换一下就有，参考
浅谈PCA与g_covar+g_a ...

sob老师，请问，势能曲线扫描，是用什么扫的啊，跟高斯的扫描不是一回事把

sobereva

ccleng 发表于 2020-1-4 22:54
sob老师，请问，势能曲线扫描，是用什么扫的啊，跟高斯的扫描不是一回事把

如果你是指在gmx里进行扫描，有很多办法。诸如用gentor（http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html）产生旋转二面角不同角度的结构成为多帧xyz轨迹，然后用VMD转成trr格式，再用gmx mdrun加上-rerun算一遍每一帧的能量即可

ccleng

sobereva 发表于 2020-1-5 10:45
如果你是指在gmx里进行扫描，有很多办法。诸如用gentor（http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html） ...

谢谢sob老师回复，我用amber跑的，amber里面有这样类似的方法吗？如果没有，是不是可以转到gromacs这么做？或者高斯亦可？

sobereva

ccleng 发表于 2020-1-5 19:39
谢谢sob老师回复，我用amber跑的，amber里面有这样类似的方法吗？如果没有，是不是可以转到gromacs这么做 ...

Gaussian里没法直接使用你之前在amber里用的力场，非要用的话往往需要在补参数上折腾一番，很麻烦，还容易弄错

amber我忘了。弄到gmx里搞原理上是可以的

ccleng

sobereva 发表于 2020-1-7 18:31
Gaussian里没法直接使用你之前在amber里用的力场，非要用的话往往需要在补参数上折腾一番，很麻烦，还容 ...

明白了，谢谢您！