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[VMD] 计算模拟轨迹中蛋白质各残基RMSF的VMD脚本

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发表于 Post on 2019-10-2 18:39:19 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 ene 于 2019-10-2 21:06 编辑

    今天看到有人问怎么使用VMD计算模拟中蛋白质每个残基的RMSF。由于vmd只能够计算单个原子的RMSF,所以要对残基中每个原子的RMSF做平方平均才能够得到残基RMSF。对应的TCL脚本可以在这里下载:   
      rmsf.tcl (1.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 223)

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发表于 Post on 2019-10-3 03:07:13 | 显示全部楼层 Show all
顺带一提对于gromacs用户,用gmx rmsf加上-res可以直接算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-3 09:02:44 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2019-10-3 03:07
顺带一提对于gromacs用户,用gmx rmsf加上-res可以直接算

gmx这些分析工具确实方便
我需要一些假日,但我不希望每天都是假日。因为我没有承担痛苦,因为那不是真正的自由。

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发表于 Post on 2022-2-17 15:21:49 | 显示全部楼层 Show all
请问单个原子的RMSF在VMD中如何计算呀?

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发表于 Post on 2022-11-20 16:34:49 | 显示全部楼层 Show all
WB1040720479 发表于 2022-2-17 15:21
请问单个原子的RMSF在VMD中如何计算呀?

同学麻烦请问您会单个原子的rmsf的怎么计算了吗

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发表于 Post on 2022-12-20 21:05:17 | 显示全部楼层 Show all
对单个原子的 RMSF 求平方平均就是残基的 RMSF?

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