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[综合交流] 一个新的基于GROMOS力场的磷脂力场G54A8_v1

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发表于 5 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
Lipid Head Group Parameterization for GROMOS 54A8: A Consistent Approach with Protein Force Field Description
Irene Marzuoli, Christian Margreitter, and Franca Fraternali
Journal of Chemical Theory and Computation 2019 15 (10), 5175-5193
DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00509
G54A8_v1(JCTC,2019)-Lipid Head Group Parameterization for GROMOS 54A8-A Consiste.pdf (5.27 MB, 下载次数: 7)
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发表于 3 天前 | 显示全部楼层
老师,我想用这个力场的单体pdb建模,但网址给的是平衡后的磷脂分子,扭曲都很大不好建模。
我按照您http://sobereva.com/23的教程取其中一个磷脂分子想用chem3D掰直这些烷烃链,但由于是这个力场是United-Atom,连上键后就自动加氢了,优化后结果也很不理想C:\Users\Administrator\Desktop。
请问有什么办法能给这个力场建模呢?

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 楼主| 发表于 3 天前 | 显示全部楼层
amagi 发表于 2019-10-11 21:10
老师,我想用这个力场的单体pdb建模,但网址给的是平衡后的磷脂分子,扭曲都很大不好建模。
我按照您http: ...

下文里给了视频演示,可以用SAMSON程序把弯的磷脂掰成直的
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245
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发表于 前天 09:31 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-10-11 21:14
下文里给了视频演示,可以用SAMSON程序把弯的磷脂掰成直的
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genm ...

哇这个软件也太强了,谢谢老师
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