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[综合交流] 一个新的基于GROMOS力场的磷脂力场G54A8_v1

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发表于 Post on 2019-10-9 23:17:39 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
Lipid Head Group Parameterization for GROMOS 54A8: A Consistent Approach with Protein Force Field Description
Irene Marzuoli, Christian Margreitter, and Franca Fraternali
Journal of Chemical Theory and Computation 2019 15 (10), 5175-5193
DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00509
G54A8_v1(JCTC,2019)-Lipid Head Group Parameterization for GROMOS 54A8-A Consiste.pdf (5.27 MB, 下载次数 Times of downloads: 42)

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发表于 Post on 2019-10-11 21:10:18 | 显示全部楼层 Show all
老师,我想用这个力场的单体pdb建模,但网址给的是平衡后的磷脂分子,扭曲都很大不好建模。
我按照您http://sobereva.com/23的教程取其中一个磷脂分子想用chem3D掰直这些烷烃链,但由于是这个力场是United-Atom,连上键后就自动加氢了,优化后结果也很不理想C:\Users\Administrator\Desktop。
请问有什么办法能给这个力场建模呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-11 21:14:37 | 显示全部楼层 Show all
amagi 发表于 2019-10-11 21:10
老师,我想用这个力场的单体pdb建模,但网址给的是平衡后的磷脂分子,扭曲都很大不好建模。
我按照您http: ...

下文里给了视频演示,可以用SAMSON程序把弯的磷脂掰成直的
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245
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sobereva 发表于 2019-10-11 21:14
下文里给了视频演示,可以用SAMSON程序把弯的磷脂掰成直的
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genm ...

哇这个软件也太强了,谢谢老师

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发表于 Post on 2020-8-20 18:23:52 | 显示全部楼层 Show all
真是不好意思,看到这个贴子,我还想问一下:
我的化合物结构是从ATB'网址上生成的,用的多肽也是54A7力场,想问下能直接用54A8力场构建的磷脂层吗?两个力场的参数还是有一定差异的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-28 04:08:56 | 显示全部楼层 Show all
AKB2005 发表于 2020-8-20 18:23
真是不好意思,看到这个贴子,我还想问一下:
我的化合物结构是从ATB'网址上生成的,用的多肽也是54A7力场 ...

多肽也用54A8不就完了
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发表于 Post on 2020-8-29 19:54:28 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-8-28 04:08
多肽也用54A8不就完了

谢谢老师的回复,凌晨这么早就起来了,真是打扰您!
因为我想做混合磷脂双分子层,有些磷脂是从ATB上下载的,所以担心使用54A8会不会有影响?还是要处理一下?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-30 14:04:11 | 显示全部楼层 Show all
AKB2005 发表于 2020-8-29 19:54
谢谢老师的回复,凌晨这么早就起来了,真是打扰您!
因为我想做混合磷脂双分子层,有些磷脂是从ATB上下 ...

绝对不要拿ATB上的磷脂拓扑文件描述磷脂,那都不是专门给磷脂膜模拟优化的
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发表于 Post on 2020-8-31 08:59:30 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-8-30 14:04
绝对不要拿ATB上的磷脂拓扑文件描述磷脂,那都不是专门给磷脂膜模拟优化的

原来是这样,谢谢老师的指点!但是现在我查了Berger lipid 还有lipidbook上,针对gromos力场,没找到我想要的POPS和胆固醇,但我的多肽是用gromos 54A7构建的,这个请问下老师能有什么办法吗?还是更换力场?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-31 18:06:31 | 显示全部楼层 Show all
AKB2005 发表于 2020-8-31 08:59
原来是这样,谢谢老师的指点!但是现在我查了Berger lipid 还有lipidbook上,针对gromos力场,没找到我想 ...

Berger早就过时了,那是基于GROMOS87的,如今毫无考虑的必要
胆固醇自己用ATB搞就行了,没有的磷脂用现有的磷脂的拓扑信息恰当自行拼接,也可以在ATB产生的基础上把参数恰当改成已发布的磷脂力场的
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sobereva 发表于 2020-8-31 18:06
Berger早就过时了,那是基于GROMOS87的,如今毫无考虑的必要
胆固醇自己用ATB搞就行了,没有的磷脂用现 ...

谢谢老师的指点,太感谢了!原来可以这样操作,收获真是好多

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发表于 Post on 2020-9-5 11:42:52 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 308866814 于 2020-9-5 11:45 编辑

一楼提供的下载地址好像无法访问,有顺利下载到平衡后结构文件的同学吗?求上传附件,分享下哈

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308866814 发表于 2020-9-5 11:42
一楼提供的下载地址好像无法访问,有顺利下载到平衡后结构文件的同学吗?求上传附件,分享下哈

我直接把压缩包上传了,见1L
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发表于 Post on 2020-9-7 22:32:36 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-9-7 06:41
我直接把压缩包上传了,见1L

多谢社长回复,辛苦了!抱拳

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发表于 Post on 2021-12-3 21:47:42 | 显示全部楼层 Show all
为什么用1楼下载的磷脂模型无法用G54A8_v1生成TOP文件,提示无法找到原子类型CA

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