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[GROMACS] 求助~关于初始盒子粒子数的问题

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如图,npt之后,粒子没有紧密排布,猜测是初始粒子数过少或者盒子过大,所以想要在增加初始构型的粒子数,出现了如图所示的问题,不允许继续添加粒子。
我的初始itp文件和top文件的获取步骤是除了RESP电荷是在Multiwfn中获得,其余与GAFF力场的相关参数是在antechamber中获得,且没有修改直接使用,不知道是不是因为初始的itp文件有问题~
麻烦老师了。

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发表于 Post on 2019-10-15 00:28:09 | 只看该作者 Only view this author
我不晓得你算的是什么分子,一开始密度也太低了
如果你用insert-molecules建的结构,由于不会优化朝向,插入最大数目时密度严重偏低,建议用packmol建
如果是小分子构成的体系,如果一切都正常的话,真空区会被控压自动给搞掉
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