求助：gmx trjcat合并文件提示Fatal error

万年流星 · 发表于 Post on 2019-10-17 21:30:30

使用gmx trjcat合并gro文件，命令如下：gmx trjcat -o cg-mapped.xtc -f cg_0.gro cg_1.gro cg_2.gro
运行后出错：
Fatal error:
gmx trjcat can only handle binary trajectory formats (trr, xtc, tng)
查阅gromacs文档显示：
-f [<.xtc/.trr/…> […]] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt gro g96 pdb tng这样看是支持gro文件的，请问怎么解决？

liuyuje714 · 发表于 Post on 2019-10-17 22:39:33

明确的告诉你，新版本的gmx trjcat是不支持合并单个的gro文件(结构文件)，这里的gro是指的轨迹文件。老版本的g_trjcat支持合并单帧结构gro

万年流星 · 发表于 Post on 2019-10-18 08:38:59

liuyuje714 发表于 2019-10-17 22:39
明确的告诉你，新版本的gmx trjcat是不支持合并单个的gro文件(结构文件)，这里的gro是指的轨迹文件。老版本 ...

好的，谢谢

苏玖染 · 发表于 Post on 2019-10-19 13:52:24

先使用脚本将所有的gro拼到一起

然后用gmx trjconv -f xxx.gro -o xxx.xtc

注意：这里的xxx.gro是拼到一起后的所谓gro轨迹文件

万年流星 · 发表于 Post on 2019-10-20 09:05:49

苏玖染发表于 2019-10-19 13:52
先使用脚本将所有的gro拼到一起

然后用gmx trjconv -f xxx.gro -o xxx.xtc

好的，谢谢师兄

junlin · 发表于 Post on 2022-7-22 16:54:55

请问gmx trjcat 合并一个10ns的和一个在10ns基础上续跑了10ns的trr文件,要不要指定起始时间和结束时间呢

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[GROMACS] 求助：gmx trjcat合并文件提示Fatal error

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