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[GROMACS] gmx select用法求助

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老师好 请问一下 我想用gmx select 在index里建立一个group 这个group包括Z>80的所有水分子 我输入gmx select -s md.tpr -on 之后出现了一个控制台 但我不太清楚在哪里输入我定义的选择范围

我看sob老师关于VMD选择语法的帖子 water z>80 这么选择之后 在index中没有出现相应的group 请问老师这是哪里出错了

还有想问一下 VMD中如何删除选择的分子

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-10-21 19:20:39 | 只看该作者 Only view this author
和VMD的语法有一定差异。而且VMD里也不是那么输入的,中间要加and
gmx的selection语法看2019版手册Selection syntax and usage部分,并且注意理解屏幕上的提示



VMD里没法删除原子,只能保存结构的时候加上not ...去除不想要的部分

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 21:56:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-21 19:20
和VMD的语法有一定差异。而且VMD里也不是那么输入的,中间要加and
gmx的selection语法看2019版手册Selecti ...

谢谢社长

我按照您的建议 把除了我要删除的部分的其余部分保存为了一个新的pdb文件

并用gmx editconf -f a.pdb -o a2.pdb 对新的pdb文件进行了转化

但是我发现 pdb文件里水的OW HW1 HW2 并不是全部按照这个顺序进行的排列 到某一部分都是乱的 比如HW1 HW2 HW1 OW这个顺序出现 在进行grompp的时候出现报错 与topol文件的顺序不符

我想过手动修改OW HW1 HW2顺序,但后来发现后面的元素对应不上 我又考虑对数据进行二次排序 但因为盒子里的分子数较多 在9999号之后又重1开始了 所以也没法按序号进行排序

请问社长 这种情况我改怎么处理

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发表于 Post on 2019-10-21 22:15:49 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-10-21 21:56
谢谢社长

我按照您的建议 把除了我要删除的部分的其余部分保存为了一个新的pdb文件

尝试用VMD保存指定的选区
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 22:53:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-21 22:15
尝试用VMD保存指定的选区

社长我发现问题存在于我选择的方法上

我用 {resname Ace or resname Pdc} or {water z<30 or z>115}这个语法进行选择水和小分子,但有一部分水没有选择完整 只选了一部分的氢或者氧 导致了后面的OW HW1 HW2顺序乱了

请问社长我该怎么修改语法完整的选择水分子呢

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发表于 Post on 2019-10-21 22:58:26 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-10-21 22:53
社长我发现问题存在于我选择的方法上

我用 {resname Ace or resname Pdc} or {water z115}这个语法进 ...

same resid as ...
强烈建议在VMD里用选择语句,所见即所得
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 23:41:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 土拔鼠 于 2019-10-21 23:51 编辑
sobereva 发表于 2019-10-21 22:58
same resid as ...
强烈建议在VMD里用选择语句,所见即所得

谢谢社长 已经解决了

定一百个闹钟参加今年末或者明年初的Groamcs培训 光光VMD这部分就太值得听了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-22 00:42:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-21 22:58
same resid as ...
强烈建议在VMD里用选择语句,所见即所得

社长 再请问一下 VMD中 选择7开启平移 我该如何去同时拖动一个三聚体的小团簇呢 我的做法是手动在三个单体之间加一个键再拖动 请问还有其他方便一点的方法吗

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发表于 Post on 2019-10-22 04:53:08 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-10-22 00:42
社长 再请问一下 VMD中 选择7开启平移 我该如何去同时拖动一个三聚体的小团簇呢 我的做法是手动在三个单 ...

在graphics - representation用选择语句把三聚体选中,然后Mouse - Move - Rep,拖动时就会按照选择语句整体拖动
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发表于 Post on 2021-4-13 18:18:05 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-10-21 22:53
社长我发现问题存在于我选择的方法上

我用 {resname Ace or resname Pdc} or {water z115}这个语法进 ...

您好,想咨询一下您gmx select范围选择生成index的方法。我想选择box最外侧0.5nm的水,box大小是9.15084   9.15084  12,我用gmx select -f md.gro -on →rdist = distance from com of group→resname TIP3 and rdist > 5.5,出来的结果不对。想问一下你是怎么选的呀?

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发表于 Post on 2021-4-14 22:17:21 | 只看该作者 Only view this author
byqyb 发表于 2021-4-13 18:18
您好,想咨询一下您gmx select范围选择生成index的方法。我想选择box最外侧0.5nm的水,box大小是9.15084  ...

没有问题了,已经解决了,group "TIP3" and z > 5.5 or z <-5.5

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发表于 Post on 2022-3-18 10:11:42 | 只看该作者 Only view this author
byqyb 发表于 2021-4-14 22:17
没有问题了,已经解决了,group "TIP3" and z > 5.5 or z

感谢解决方案

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发表于 Post on 2022-6-2 15:31:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一条君 于 2022-6-2 15:32 编辑
sobereva 发表于 2019-10-21 19:20
和VMD的语法有一定差异。而且VMD里也不是那么输入的,中间要加and
gmx的selection语法看2019版手册Selecti ...

老师,请问为什么vmd选择的原子和gmx select选择后-on输出的不一样呢
两个都是name OW and within 4 of resid 1355,(within 4 of 坐标 试了也不对)谢谢~
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发表于 Post on 2022-6-3 03:35:53 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2022-6-2 15:31
老师,请问为什么vmd选择的原子和gmx select选择后-on输出的不一样呢
两个都是name OW and within 4 of  ...

用VMD输出就完了,所见即所得,而且比gmx的selection更灵活强大
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发表于 Post on 2022-6-3 14:05:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-22 04:53
在graphics - representation用选择语句把三聚体选中,然后Mouse - Move - Rep,拖动时就会按照选择语句 ...

哇,谢谢!终于知道怎么一起移动了

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