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[GROMACS] AMBER、GROMOS、OPLS、CHARMM最新版本的GROMACS力场包

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发表于 Post on 2019-10-24 07:29:28 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
群里有人问怎么GROMACS自带的力场老不更新,实际上在以下网址可以获取最新的四大力场的GROMACS包,解压到top目录里直接就能用
CHARMM36力场(目前最新的CHARMM力场):http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs
OPLS-AA/M力场(是目前gmx自带的OPLS-AA/L改进版,也是OPLS原作者搞的最新版本):http://zarbi.chem.yale.edu/oplsaam.html
GROMOS 54A8(目前最新的GROMOS官方力场):http://vienna-ptm.univie.ac.at/?page_id=100
AMBER14SB+parmbsc1(除尚未在期刊正式发表的19SB以外最佳的Amber蛋白质力场结合核酸的补丁包):http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields(此地址已失效。新地址:https://www.gromacs.org/user_contributions.html

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发表于 Post on 2019-10-24 10:04:12 | 显示全部楼层 Show all
这个太赞了,谢谢社长!

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发表于 Post on 2019-10-24 13:43:02 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 yuclark 于 2019-10-24 13:49 编辑

太好了,多谢sob老师!

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发表于 Post on 2019-10-24 13:55:21 | 显示全部楼层 Show all
谢谢分享!

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发表于 Post on 2019-10-31 17:04:47 | 显示全部楼层 Show all
sob老师好,我看到原课题组的OPLS/M网页上的论文是关于蛋白质和核酸的,那本次最新的OPLS/M力场可以用于石油类的烷烃分子么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-1 07:17:59 | 显示全部楼层 Show all
lxybaby 发表于 2019-10-31 17:04
sob老师好,我看到原课题组的OPLS/M网页上的论文是关于蛋白质和核酸的,那本次最新的OPLS/M力场可以用于石 ...

OPLS-AA/M是对原先的OPLS-AA/L在这方面进行改进,不是变成了只能用于蛋白质和核酸。原本的OPLS-AA/L用于烷烃非常理想,这在OPLS-AA/M自然就继承了。
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发表于 Post on 2019-11-19 21:26:17 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 wuzhiyi 于 2019-11-19 21:28 编辑

我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候写一个charmm转amber的脚本 然后拖延症一直没写
然后ff19sb其实发表了https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.9b00591#.Xc-4kxDID-1.twitter

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发表于 Post on 2021-6-30 14:44:07 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 tjuptz 于 2021-6-30 15:10 编辑
wuzhiyi 发表于 2019-11-19 21:26
我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候 ...

近期试验了下确实可以在gromacs里用了,结合charmm-gui建模很便利了,感谢大佬。另外请教一事,如果我想把ambertools里自带的gaff.dat里的参数转化为gromacs格式,parmed是否适合呢?

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发表于 Post on 2021-6-30 18:28:04 | 显示全部楼层 Show all
tjuptz 发表于 2021-6-30 14:44
近期试验了下确实可以在gromacs里用了,结合charmm-gui建模很便利了,感谢大佬。另外请教一事,如果我想 ...

个人感觉你用tleap生成对应的amber 拓扑文件后 再转换比较稳妥

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发表于 Post on 2021-6-30 21:29:42 | 显示全部楼层 Show all
wuzhiyi 发表于 2021-6-30 18:28
个人感觉你用tleap生成对应的amber 拓扑文件后 再转换比较稳妥

好的,谢谢指导

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发表于 Post on 2022-5-5 21:23:30 | 显示全部楼层 Show all
gromacs网站改版了,导致以下链接已经失效了。
https://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-6 09:16:17 | 显示全部楼层 Show all
牧生 发表于 2022-5-5 21:23
gromacs网站改版了,导致以下链接已经失效了。
https://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Fo ...

净瞎搞
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发表于 Post on 2022-5-14 09:57:58 | 显示全部楼层 Show all
最后一个amber14sb链接点不进去啦

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 10:40:07 | 显示全部楼层 Show all
thor 发表于 2022-5-14 09:57
最后一个amber14sb链接点不进去啦

前面早就有人说过了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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