AMBER、GROMOS、OPLS、CHARMM最新版本的GROMACS力场包

喵星大佬

wuzhiyi 发表于 2019-11-19 21:26
我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候 ...

这套参数的rtp文件里面缺少OL1残基的C12和+C11的成键，补上这个成键之后还是缺参数的

李赛亚

wuzhiyi 发表于 2019-11-19 21:26
我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候 ...

想问一下amber19sb的力场包可以在哪里获取呢（毕竟amber19sb+opc效果最好嘛）

Huschein

李赛亚 发表于 2024-8-21 17:52
想问一下amber19sb的力场包可以在哪里获取呢（毕竟amber19sb+opc效果最好嘛）

目前似乎只能tleap

youknowdcf

李赛亚 发表于 2024-8-21 17:52
想问一下amber19sb的力场包可以在哪里获取呢（毕竟amber19sb+opc效果最好嘛）

看gromacs论坛官方人员说，目前貌似没有gromacs直接可用的19sb包，但可以在charmmgui上获取19sb的力场参数

Nsy1

请教老师，我的体系是LiFSI+TEP+BTFE，我应该选择什么力场？下面是我的top文件
[ atomtypes ]
; name   at.num      mass       charge   ptype     sigma (nm)    epsilon (kJ/mol)
s6          16    32.064787    0.000000    A      3.563595E-01    1.046000E+00
f            9    18.998403    0.000000    A      3.118146E-01    2.552240E-01
o            8    15.999405    0.000000    A      2.959922E-01    8.786400E-01
n3           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
UF_Li        3     6.940037    0.000000    A      2.183593E-01    1.046000E-01
p5          15    30.973762    0.000000    A      3.741775E-01    8.368000E-01
os           8    15.999405    0.000000    A      3.000012E-01    7.112800E-01
c3           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    4.577296E-01
h1           1     1.007941    0.000000    A      2.471353E-01    6.568880E-02
hc           1     1.007941    0.000000    A      2.649533E-01    6.568880E-02

#include "LiFSI.itp"
#include "TEP.itp"
#include "BTFE.itp"