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楼主 Author: 土拔鼠
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[GROMACS] 求助Semiisotropic时npt控压的设置

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发表于 Post on 2021-8-9 22:52:52 | 只看该作者 Only view this author
请问您关于wall字段的设置可以贴出来吗?谢谢!

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发表于 Post on 2024-2-27 09:09:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-27 01:33
因为膜的侧向和垂直于膜方向的特征差异极大,如果用各项同性控压,会导致XY和Z方向尺寸变化总是相同的, ...

请教sob老师,我的膜体系想在xy方向对膜进行一个拉伸,因此我的想法是把xy方向上的参考压力设为负值(因为正值是对体系施加压力 那么负值应该就是对体系有一个拉伸)请问可行吗?如果可行那么参考压强和压缩系数怎么设置呢?

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发表于 Post on 2024-2-28 01:16:08 | 只看该作者 Only view this author
herbrex 发表于 2024-2-27 09:09
请教sob老师,我的膜体系想在xy方向对膜进行一个拉伸,因此我的想法是把xy方向上的参考压力设为负值(因 ...
这样设置过于抽象、间接
直接在mdp里用deform设置盒子形变速度就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-2-29 16:03:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 herbrex 于 2024-2-29 16:08 编辑
sobereva 发表于 2024-2-28 01:16
这样设置过于抽象、间接
直接在mdp里用deform设置盒子形变速度就完了

感谢sob老师的回答,恕我笨拙,请问您的意思是利用盒子的形变来对film进行一个挤压吗?(盒子的作用应该只体现pbc并没有对体系有物理力的作用把);还是说您在这里建议用deform设置盒子形变的目的是什么呢?
我有想过采用pull的方式去对我的film进行一个拉伸处理,但是pull并不能对film进行整体上的拉伸而是拉伸一部分片段,因此我才想试试用更改压强的方式进行拉伸,但是我的结果并没有达到预期,因为我的构型在执行这一步模拟前后并没有变化。

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发表于 Post on 2024-2-29 23:30:29 | 只看该作者 Only view this author
herbrex 发表于 2024-2-29 16:03
感谢sob老师的回答,恕我笨拙,请问您的意思是利用盒子的形变来对film进行一个挤压吗?(盒子的作用应该 ...

令盒子尺寸越来越大,等于密度越来越小,这就是拉伸起到的效果

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发表于 Post on 2024-3-4 15:46:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-29 23:30
令盒子尺寸越来越大,等于密度越来越小,这就是拉伸起到的效果

感谢老师 我已经通过deform设置得到了拉伸的结果,请问如何分析这一过程中体系受力的情况呢?

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