amber动力学rmsd构象异常

cheor3war · 发表于 Post on 2019-11-1 09:36:24

各位大神，我使用amber18 pmemd.cuda 来产生平衡构象用来计算mmpbsa，其中有几条的rmsd图像出现异常。有没有人知道是什么原因？另外，如果pbsa的DELTA TOTAL能量值为正值，GBSA的值为负值，能否用GBSA的值来判断结合的强弱

puzhongji · 发表于 Post on 2019-11-1 11:05:56

试试 autoimage
不管是MMGBSA还是MMPBSA，能量分解到氨基酸残基上，根据经验和复合物结构估计能量对不对。
试试这个方法算MMPBSA的熵部分（Duan, L.; Liu, X.; Zhang, J. Z. H., InteractionEntropy: A New Paradigm for Highly Efficient and Reliable Computation ofProtein-Ligand Binding Free Energy. Journalof the American Chemical Society 2016,138 (17), 5722-5728.）。

八月的雨季 · 发表于 Post on 2019-11-3 00:04:11

多半是复合物跑到盒子外面去了，又被拉回来，轨迹中取代这些不正常构象

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[Amber] amber动力学rmsd构象异常

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