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[波函数分析求助] VMD做电子激发过程中空穴和电子的等值面分子被遮挡

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Sobereva老师,我在给分子做electron和hole的等值面图形显示的时候 ,分子来回被线条遮挡,虽然等值面也显示,只有转动到一定的角度分子中的等值面的图才可以看见,线条面怎样去除呢?有没小伙伴遇到我这样的问题的,怎么解决的呢?
我是按照http://sobereva.com/483做的

el.gif (41.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 41)

el.gif

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electronhole.gif

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发表于 Post on 2019-11-13 17:45:59 | 只看该作者 Only view this author
不要24小时内同时在公社QQ群和公社论坛里同一问题,注意看群文件里群规,以及论坛置顶的计算化学公社论坛新人必读。


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-13 22:02:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-13 17:45
不要24小时内同时在公社QQ群和公社论坛里同一问题,注意看群文件里群规,以及论坛置顶的计算化学公社论坛新 ...

收到 老师 不好意思 我没有注意到群规,老师我处理的时候 发现hole的等值面显示是没有问题的,只有electron的时候会出现这种问题,我不清楚这是什么原因,查看 showcub.vmd中的两个 filename1.cub没有差别,就是找不到原因,为什么electron的显示有问题

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发表于 Post on 2019-11-13 22:26:21 | 只看该作者 Only view this author
艾笑 发表于 2019-11-13 22:02
收到 老师 不好意思 我没有注意到群规,老师我处理的时候 发现hole的等值面显示是没有问题的,只有electr ...

你先在Multiwfn里直接看等值面,如果看到的正常,就是VMD的问题。

如果在Multiwfn里直接看到的等值面也是类似异常的,把给Multiwfn用的Gaussian输出文件、fch文件都压缩后上传(如果超过5MB,用网盘),我看看到底是程序产生的格点数据问题还是什么其它情况,并且把你在Multiwfn里输入的命令都告诉我。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-14 14:21:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-13 22:26
你先在Multiwfn里直接看等值面,如果看到的正常,就是VMD的问题。

如果在Multiwfn里直接看到的等值面 ...

谢谢老师的帮助,已经把这个问题处理好了,在用Multiwfn选择2 Local term only形成cube文件,分子就没有外边的边框啦!开熏~~~

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发表于 Post on 2019-11-15 00:29:33 | 只看该作者 Only view this author
艾笑 发表于 2019-11-14 14:21
谢谢老师的帮助,已经把这个问题处理好了,在用Multiwfn选择2 Local term only形成cube文件,分子就没有 ...

注意这样得到的是不严格的
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