如何将盒子边缘的团簇中的分子移到一起？

chw985550192 · 发表于 Post on 2019-11-27 21:06:45

想问一下，我在跑一个磷酸钙的团簇（NAMD跑的），我想统计团簇的大小，就是以一个钙离子为中心画圆，然后统计其周围的原子。但是wrap只能保证在一个盒子里。如果是一个大团簇，一部分在盒子的一半，一部分在盒子的另一半，这个要怎么解决呢，谢谢。

如下图所示，图中有两个团簇，其实是一个团簇，但是显示不一样，wrap也不能用。这样统计的原子的数目就不准确，要怎么做才可以消除这个影响呢，谢谢。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-11-27 21:13:16

可以尝试用轨迹处理工具使团簇的质心（或者如果团簇与钙有很强的相互作用，则使钙）位于盒子的中心。

chw985550192 · 发表于 Post on 2019-11-27 21:26:07

liyuanhe211 发表于 2019-11-27 21:13
可以尝试用轨迹处理工具使团簇的质心（或者如果团簇与钙有很强的相互作用，则使钙）位于盒子的中心。

您好，您说的轨迹处理工具是什么意思，我把所有的原子放到了中心位置还是有这个问题。您说的把钙原子放到盒子的中心，我这里面不止一个钙离子，怎么都放到中心位置呢，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-27 22:04:07

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“将盒子边缘的分子移到一起”改了，以后务必注意

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-27 22:06:03

用pbc unwrap把整个轨迹从周期性转化成非周期性，看是否能保持完整团簇

chw985550192 · 发表于 Post on 2019-11-27 22:09:11

sobereva 发表于 2019-11-27 22:06
用pbc unwrap把整个轨迹从周期性转化成非周期性，看是否能保持完整团簇

好的，我试试，谢谢sob老师

chw985550192 · 发表于 Post on 2019-11-27 23:08:32

sobereva 发表于 2019-11-27 22:06
用pbc unwrap把整个轨迹从周期性转化成非周期性，看是否能保持完整团簇

sob老师您好，按照您说的用pbc unwrap ，我按照这个试了下，发现不可以。去掉的话，分子就在相同的位置来回振动，并不会形成一个大的团簇。不知道还没有其它的方法？

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