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[波函数分析求助] 如何定量的分析分子中空间位阻的大小?

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发表于 2015-8-6 14:17:26 | 显示全部楼层 |阅读模式
看到一些分析直接用原子间距减掉范德华半径和,得到一个距离来指征,但是我觉得用范德华半径非常不妥,不同分子中用这同一个半径、还当成球,肯定不合适。
有人用NBO的E(2),但是我个人觉得不大对,不是很确定。

想问有什么合适(最好易于使用)的方法?

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发表于 2015-8-6 19:21:23 | 显示全部楼层
可以计算电子密度0.001等值面的穿透距离,这比起用范德华球更合理,因为体现了电子结构,见此文末尾
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196

另外可以用RDG分析,位阻区域越红位阻越大,定量比较可以用AIM,见:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

E2并不适合。NBO里面有个steric分析,可以给出每一对儿NLMO之间的位阻能,可以试试。

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发表于 2015-8-14 14:45:53 | 显示全部楼层
如果要知道分子的动力学直径,有什么简单的办法吗?

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发表于 2015-8-15 02:52:09 | 显示全部楼层
虎王 发表于 2015-8-14 14:45
如果要知道分子的动力学直径,有什么简单的办法吗?


最严格做法还是进行分子穿过分子筛的模拟。粗略一些就算范德华直径
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发表于 2017-7-2 16:22:27 | 显示全部楼层
你好,我想咨询一下,如果只是想简单粗略的比较一下空间效应,用什么方法比较好

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发表于 2017-7-3 11:08:28 | 显示全部楼层
zhanghuize 发表于 2017-7-2 16:22
你好,我想咨询一下,如果只是想简单粗略的比较一下空间效应,用什么方法比较好

RDG分析,位阻区域越红位阻越大。
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发表于 2017-7-3 12:08:14 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2017-7-3 11:08
RDG分析,位阻区域越红位阻越大。


值得一提的是,Multiwfn 3.4中支持了RDG域积分,并根据J. Phys. Chem. A, 115, 12983 (2011)的方法可以区分吸引和互斥,对讨论这个可能有用(但方法的普适性没有充分测试),见手册4.200.14节的例子。
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