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[波函数分析求助] 求助:获得分子的2D指纹图后如何获得各个键的百分比呢

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楼主
请问各位老师,在获得分子的2D指纹图后如何获得各个键的百分比呢。

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hirshfeld表面

hirshfeld表面

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2D指纹图

2D指纹图

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发表于 Post on 2019-12-2 01:25:38 | 只看该作者 Only view this author
我不晓得“键的百分比”怎么定义
如果是指特定原子间接触对应的Hirshfeld表面的面积,用Multiwfn做Hirshfeld surface分析就可以得到(必须用今日刚更新的Multiwfn,手册也是)。Multiwfn手册4.12.6节有Hirshfeld surface分析的具体例子,特别是这段内容跟你的问题相关



一些相关操作看
使用Multiwfn结合VMD绘制Hirshfeld surface图分析分子晶体中的弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av35738671/


2024-Feb-16补充:看下文,介绍了怎么一次性得到所有元素之间接触的面积
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
http://sobereva.com/701http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-2 20:55:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-2 01:25
我不晓得“键的百分比”怎么定义
如果是指特定原子间接触对应的Hirshfeld表面的面积,用Multiwfn做Hirshfe ...

file:///C:/Users/liyun/Desktop/2.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-2 20:58:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-2 01:25
我不晓得“键的百分比”怎么定义
如果是指特定原子间接触对应的Hirshfeld表面的面积,用Multiwfn做Hirshfe ...

谢谢老师的回答,我把文献中对弱相互作用的统计重新添加进来了。

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发表于 Post on 2019-12-3 06:37:09 | 只看该作者 Only view this author

图片没显示出来,传图方式注意看置顶的新社员必读
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-3 08:56:33 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师,我知道怎么加载了。就是这图c所示。

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发表于 Post on 2021-12-16 15:53:00 | 只看该作者 Only view this author
老师,想知道2D指纹图怎么做的

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发表于 Post on 2021-12-24 02:26:06 | 只看该作者 Only view this author
努力的小青年 发表于 2021-12-16 15:53
老师,想知道2D指纹图怎么做的

Multiwfn手册4.12.6节都写明了,仔细看前面我的回复
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