求助：DSSP中蛋白质二级结构的编码

jackie

Gromacs程序中使用DSSP方法来分析蛋白质二级结构生成两个文件：scount.xvg and ss.xpm。scount.xvg文件里的内容如下加粗斜体文字，其中的：s0 legend "Structure"、 s4 legend "Bend"、 s5 legend "Turn"分别表示什么二级结构？其分别对应ss.xpm文件中二级结构的简单英文字母的二级结构编码分别是什么？

# Command line:
#   gmx do_dssp -s md.tpr -f md_nopbc.xtc
# gmx do_dssp is part of G R O M A C S:
#
@ s0 legend "Structure"
@ s1 legend "Coil"
@ s2 legend "B-Sheet"
@ s3 legend "B-Bridge"
@ s4 legend "Bend"
@ s5 legend "Turn"
@ s6 legend "A-Helix"
@ s7 legend "5-Helix"
@ s8 legend "3-Helix"
       0   239    56    57     2    45    51   129     0    21
     100   240    64    56     2    40    52   130     0    17
     200   244    56    58     2    39    54   130     0    22

sobereva

Structure = A-Helix + B-Sheet + B-Bridge + Turn
turn看https://en.wikipedia.org/wiki/Turn_(biochemistry)

随风

您好，请问一下，你这个是怎么计算的呢

liuyuje714

随风 发表于 2020-10-20 13:45
您好，请问一下，你这个是怎么计算的呢

第二行那么大个命令

随风

谢谢了，您好，我想请问一下dssp这个程序装在超算上的话，直接把安装包上传就可以吗

sobereva

随风 发表于 2020-10-21 14:28
谢谢了，您好，我想请问一下dssp这个程序装在超算上的话，直接把安装包上传就可以吗

没有安装包。就直接把可执行文件上传上去就完了。