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[GROMACS] 求助 -算“每个水分子的氢键数的分布”的脚本

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求助 算每个水分子的氢键数的分布的脚本,本人菜鸟,真的不太会写

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发表于 Post on 2019-12-14 11:46:43 | 只看该作者 Only view this author
gmx hbond加上-nhbdist选项,对得到的nhbdist.xvg进行分析即可
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-19 17:41:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-14 11:46
gmx hbond加上-nhbdist选项,对得到的nhbdist.xvg进行分析即可

谢谢老师

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发表于 Post on 2020-12-20 18:28:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-14 11:46
gmx hbond加上-nhbdist选项,对得到的nhbdist.xvg进行分析即可

请问老师nhbdist中得到的是每个氢原子形成的氢键数,该怎么把得到的结果转化成每个水分的氢键数呢?

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发表于 Post on 2020-12-21 00:21:33 | 只看该作者 Only view this author
向往阳光 发表于 2020-12-20 18:28
请问老师nhbdist中得到的是每个氢原子形成的氢键数,该怎么把得到的结果转化成每个水分的氢键数呢?

含有884个水分子的盒子的统计一例

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-12-21 11:21:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-21 00:21
含有884个水分子的盒子的统计一例

分析hbnum里的内容得到每个水分子的平均氢键我能理解;但nhbdist得到的是每个氢原子形成的氢键,每个水分子又有两个氢原子,怎么得到题主所问的每个水分子的氢键分布呢?

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发表于 Post on 2020-12-21 14:01:54 | 只看该作者 Only view this author
向往阳光 发表于 2020-12-21 11:21
分析hbnum里的内容得到每个水分子的平均氢键我能理解;但nhbdist得到的是每个氢原子形成的氢键,每个水分 ...

默认情况下,如果一个氢键给体上的多个氢都与一个氢键受体之间形成了氢键,会被当成其中一个氢形成了多个氢键看待。因此水盒子的nhbdist相当于水分子形成的氢键数。想避免这种统计,即区分氧上的两个氢,可以用-nomerge
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发表于 Post on 2021-3-10 11:01:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-21 14:01
默认情况下,如果一个氢键给体上的多个氢都与一个氢键受体之间形成了氢键,会被当成其中一个氢形成了多个 ...

突然想起来,水上的氧既可以做受体也可以做给体。按照nhbdist的统计方法,对于一个水分子来说,是不是只统计了它的氢形成的氢键,而没有统计氧做受体时形成的氢键?

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发表于 Post on 2021-3-11 01:11:57 | 只看该作者 Only view this author
向往阳光 发表于 2021-3-10 11:01
突然想起来,水上的氧既可以做受体也可以做给体。按照nhbdist的统计方法,对于一个水分子来说,是不是只 ...

统计氢键数目是对于满足判据的氢键而言的,不用管原子是给体还是受体的问题
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sobereva 发表于 2021-3-11 01:11
统计氢键数目是对于满足判据的氢键而言的,不用管原子是给体还是受体的问题

如果只是hbond -num的话确实是这样,但我看手册上写是“ -nhbdist: compute the number of HBonds per hydrogen”,这是不是就是没包括O的氢键呢?

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发表于 Post on 2021-3-12 02:02:22 | 只看该作者 Only view this author
向往阳光 发表于 2021-3-11 20:33
如果只是hbond -num的话确实是这样,但我看手册上写是“ -nhbdist: compute the number of HBonds per hy ...

当前说的对象是氢,你就看每个氢与其它氢键受体原子总共形成多少氢键就行了
gmx hbond只把N和O作为可能的氢键受体
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发表于 Post on 2022-1-7 17:35:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-21 00:21
含有884个水分子的盒子的统计一例

老师好,根据nhbidist.xvg所得到的文件所得到含有0个1个2个3个氢键的氢原子数目,该怎么分析具有0个1个2个3个氢键的水分子数目

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发表于 Post on 2022-1-7 22:10:16 | 只看该作者 Only view this author
narroto 发表于 2022-1-7 17:35
老师好,根据nhbidist.xvg所得到的文件所得到含有0个1个2个3个氢键的氢原子数目,该怎么分析具有0个1个2 ...

gmx hbond的时候不写-nomerge,会把水上两个氢形成的氢键合并来计,这时候结果直接就是形成不同数目氢键的水数
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发表于 Post on 2022-1-8 17:28:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 narroto 于 2022-1-8 17:43 编辑
sobereva 发表于 2022-1-7 22:10
gmx hbond的时候不写-nomerge,会把水上两个氢形成的氢键合并来计,这时候结果直接就是形成不同数目氢键 ...

老师好 我用的命令是gmx hbond -f md2.xtc -s md2.tpr -num hbond_num.xvg -life hbond_life.xvg -nhbdist perH_bondnum.xvg得到的是XVG是下图,没有使用nomerge,把显示的含不同个数的氢键的氢原子的2.3.4.5行数目加起来不是2022个(体系加了1011个水分子),我加上之后nomerge之后如第二张图,氢原子个数加起来是2022个,但是显示含有三个氢键的一行全部为零我要计算含不同氢键个数的水分子个数是需要在命令加上-nomerge选项吗?


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发表于 Post on 2022-1-9 04:10:21 | 只看该作者 Only view this author
narroto 发表于 2022-1-8 17:28
老师好 我用的命令是gmx hbond -f md2.xtc -s md2.tpr -num hbond_num.xvg -life hbond_life.xvg -nhbdis ...

你算的是什么体系?纯水盒子?
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