如何确定MD模拟中小分子的质子化状态？

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2022-8-19 23:59:49

wzkchem5 发表于 2022-8-19 23:22
不同作用部位的pH虽然不一样，但是差别不会太大（除非你研究胃黏膜上的药物化学，那值得着重考虑pH问题） ...

谢谢老师，因为分子形式和离子形式的比例接近，那如果想研究胞内的受体蛋白的话，此时我觉得可以不用考虑离子态（包括一些质子化后的离子态），只需要看这个药物的分子态就行。不知这么说对不对。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-8-20 04:26:39

5撇到3撇发表于 2022-8-19 16:59
谢谢老师，因为分子形式和离子形式的比例接近，那如果想研究胞内的受体蛋白的话，此时我觉得可以不用考虑 ...

不好说，虽然药物穿膜很可能是分子态，但是穿膜以后可能会再次电离

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2022-8-20 08:42:12

wzkchem5 发表于 2022-8-20 04:26
不好说，虽然药物穿膜很可能是分子态，但是穿膜以后可能会再次电离

谢谢老师，我再去查查

ldx022 · 发表于 Post on 2024-1-5 13:37:11

minishotgun 发表于 2021-2-22 11:59
是的。-1可能为去质子化状态。

点开Reference可以看具体的结构。

请问老师 reference和mid PH有什么区别呢？reference指的是ph=7的情况吗？

一枚研究生 · 发表于 Post on 2024-2-21 20:59:02

panernie 发表于 2021-2-22 09:53
可以采用openbabel或者Avogadro进行加氢处理，这些程序可以指定pH加氢

会给出各位点加H的比例吗

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[综合交流] 如何确定MD模拟中小分子的质子化状态？