调用dssp程序计算模拟轨迹中蛋白质各类二级结构比例的VMD脚本

ene · 发表于 Post on 2019-12-24 15:42:08

本帖最后由 ene 于 2019-12-25 02:02 编辑

Gromacs的do_dssp功能可以调用dssp程序计算模拟轨迹中蛋白质内各类二级结构在总氨基酸中所占的比例，默认情况下VMD也可以调用stride进行类似的计算。但是这两种方法都不能给出特定范围内的氨基酸所具有的二级结构在总氨基酸中所占比例（例如我的蛋白总共有100个氨基酸，而我只想知道其中0-50号氨基酸的各种二级结构在全部氨基酸中所占的比例）。脚本dssp_v2.tcl可以实现这种计算，脚本本体可以在这里下载（要使用这些脚本必须首先安装dssp程序：http://bbs.keinsci.com/thread-14384-1-1.html）：

dssp_v2.tcl (1.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 156)

dssp.tcl (1.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 128)

   其中dssp.tcl只具有普通的dssp计算功能，和do_dssp一致，只能输出某个蛋白中全部氨基酸的二级结构的比例。其中参数如下：outfile设置了输出文件名；select定义了需要计算dssp的结构（这里需要说明一下，这个参数所选中的必须是某个完整的结构单元，例如一条完整的蛋白质"protein"，绝对不能选择蛋白质的一部分，例如一段残基或者只有侧链原子/骨架原子，这种情况下dssp程序通常没法进行准确的计算）；structure是你要分析的二级结构的种类，允许的参数为HBEGITS之一，每个字母所代表的定义在脚本中给出了；execname是你的dssp可执行文件的名称，一般设置成dssp即可；freq是计算的频率，也就是每隔几帧进行一次计算。
   dssp_v2.tcl中的参数与dssp.tcl中的类似，唯一不同的是select所代表的含义和新参数select_env。其中select_env所定义的必须是某个完整的结构单元，如"protein"，而select所定义的则是select_env的一部分，例如"protein and resid 0 to 30"。此时脚本会只计算这一部分中的残基的各种二级结构在由select_env所定义的结构的氨基酸数量中所占的比例。
   上面的描述比较抽象，可以结合下面的具体例子来看。测试的轨迹模拟的是1ubq蛋白质在水盒子中的运动，共输出510帧。alpha_all.dat由dssp.tcl产生，alpha_0-30.dat和alpha_31-80.dat均由dssp_v2.tcl产生，计算二者时的select参数分别为"protein and resid 0 to 30"和"protein and resid 31 to 80"，select_env参数均为"protein"。从图中可以明确的看到，0-30号氨基酸中alpha螺旋的含量在模拟中保持不变，总的alpha螺旋含量变化完全由31-80号氨基酸所在的区域提供。

xking2020 · 发表于 Post on 2021-4-6 10:13:27

能请问一下怎么使用吗

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[VMD] 调用dssp程序计算模拟轨迹中蛋白质各类二级结构比例的VMD脚本

评分 Rate

浏览过的版块