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[Lammps] lammps例子个人搜集

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发表于 2015-8-14 10:03:39 | 显示全部楼层 |阅读模式
lammps入门需要上网查资料。有相关的入门引导。本人纯粹自学,还是在一楼说说自学过程吧。

前段时间一个视屏讲的分子入门引导,主要是为lammps做准备,优酷视屏,感觉挺好。在此分享网址
http://i.youku.com/wadetian
这个视屏需要密码,我猜是原作者为了完善视屏目的加上的吧,大家加qq群:分子模拟入门引导 397981984看群公告就可以得到密码,如下:[置顶] 本群须知

视频地址:http://i.youku.com/wadetian
观看密码:0512




附件将添加我搜集的lammps例子。这些例子我也只是看过,但是没有去进行调试和运行。这些资料有些有说明有些没有说明,我挑拣着把有例子的放到一个文件夹内都上传了。例子有重复。
希望大家把有关lammps的例子等资料多多分享。如果有相关的资料,希望回复我个网址或上传一些资料

另外超哥的帖子里边第二个网址有详细的in文件和说明,有的还有分析过程,英语。那个网址我今年春天才从同学那里得到有种相见恨晚的感觉。
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ypeid%26typeid%3D29


[emuch.net]1P01_chs.pdf

323.76 KB, 下载次数: 595

[emuch.net]1P01_eng.pdf

2.55 MB, 下载次数: 512

[emuch.net]1P02_chs.pdf

1.12 MB, 下载次数: 478

[emuch.net]1P02_eng.pdf

1.23 MB, 下载次数: 407

[emuch.net]1P03_chs.pdf

327.96 KB, 下载次数: 422

[emuch.net]1P04_chs.pdf

731.71 KB, 下载次数: 443

[emuch.net]1P04_eng.pdf

701.55 KB, 下载次数: 373

[emuch.net]1P05_chs.pdf

860.61 KB, 下载次数: 420

[emuch.net]A_beginner’s_guide_to_the_modeling_of_shockuniaxialquasi-isentropic.pdf

852.6 KB, 下载次数: 381

[emuch.net]LAMMPS NAMD GROMACS 比较.pdf

200.98 KB, 下载次数: 341

[emuch.net]lammps使用手册-中文简版(Michael博客).pdf

2.82 MB, 下载次数: 763

[emuch.net]获得lammpsdata文件的几种方法.pdf

794.97 KB, 下载次数: 433

[emuch.net]经验势列表.docx

38.65 KB, 下载次数: 294

Lammps 软件的学习和应用.pdf

216.78 KB, 下载次数: 413

lammps_简介.pptx

1.16 MB, 下载次数: 315

lammps模拟实例详解.doc

84.5 KB, 下载次数: 450

LAMMPS软件与分子模拟的实现.ppt

2.63 MB, 下载次数: 829

lammps实例(5).pdf

860.61 KB, 下载次数: 438

lammps实例.pdf

5.3 MB, 下载次数: 1075

shear算例——LAMMPS.txt

6.95 KB, 下载次数: 307

分子动力学模拟的Lammps实现.ppt

319 KB, 下载次数: 514

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 楼主| 发表于 2015-8-14 10:03:51 | 显示全部楼层

lammps学习经历

本帖最后由 朱雪刚 于 2015-8-14 11:39 编辑

14年3月份儿,导师指定一片已经毕业的师姐的毕业论文,让我用lammps做相似金属的融化。
师姐说lammps要看英语手册,要网上看资料,我就开始了学lammps了。

在网上看到一个lammps入门引导等资料,原网址不知道在哪里,贴个百度文库的资料吧。这个应该不会消失吧。

lammps学习指南(这两个个应该也是超哥的,刚开始没注意到呢)
http://wenku.baidu.com/link?url= ... eoO9eYKCzq1gwpMvvYq
lammps编译,文库的应该不会消失。第二个是分子模拟论坛的网址。网址曾今有过改动
http://wenku.baidu.com/link?url= ... shTJXEYxTq6znQX53ua
http://simulation.haotui.com/thread-26886-1-1.html
期间还看了Linux一个百度的入门视屏。Linux 入门基础  http://wenku.baidu.com/course/view/4fdf50e2524de518964b7d00
等等,我先在网上大体了解了一下lammps。然后就很乖的听从了师兄,师姐和大家的建议啃lammps英文manual。但是我了解的太少了也就仅仅知道in文件的写法而已
结果是我狂啃了两个月,说实话,感觉没什么收获。主要原因是对分子模拟的基础不是太清楚。所以大家在啃manual前最好先了解分子模拟的一些基础。

14年5月份儿,导师让我跟着一个快毕业的师兄用DFT理论计算气体的吸附。我就把lammps放下了。(DFT结果算的太水了,文章投了两次直接被拒,后来我就放弃不投了)

直到15年的1月份儿,快放寒假前导师要做粗粒化,我就查相关资料。后来见文献内有lammps做石墨烯粗粒化模拟的。我们就想仿照文献尝试尝试。
到了过年回来后到了三月份,粗粒化没什么进展。甚至模型都没建立。很是郁闷。

导师也经常催促,可是没有进展,最后我就决定打打分子模拟基础(虽然导师很是不赞同)
看过——分子模拟的理论与实践_陈正隆等(2007新版)
通过这本书了解力场的相关信息(以前还真不知道)还看过其它的书籍。总之感觉都是给分子模打了个基础超哥贴子里虽然后提示,但是我曾忽略了。
当然还看过一些其它的书籍(哎,感觉基础太差了),不过和lammps不相关,
例如汉语的[emuch.net]固体与表面  [美国]+R.霍夫曼+着;[emuch.net]趣谈量子化学;[emuch.net]图解量子化学-完美版;(大概就这几本吧,以后再寻其它的)
还断断续续的看了鸟哥的Linux私房菜(大概看了15六章,后面的不打算看了)

后来又看了楼上说的视屏,大概就混到5月份儿了(哎)。知道分子势函数的引用可以分开计算。就算开始做lammps粗粒化了。
做粗粒化感觉没有例子指导,很是郁闷,就同师妹搜集相关例子,师妹的同学给了一个例子的网址,就是楼上我提到的超哥给的第二个网址,尝试做了拉伸模拟

建模刚开始是用ms的一个粗粒化程序,后来导师推荐用GaussView看键角等信息,(虽然GaussView不能得到正确的键角信息,但是可以显示原子序号,通过序号我后来才建立起模型)
不过最终建模是用excell建立的。因为石墨烯的键角等很麻烦,只能手动寻找添加输入了。(哎,我不太熟悉编程呢)

应该是在5月份儿中旬大体就弄清楚了模拟过程和方法(虽然不确定对不对)
后来我想更近一步,去做势函数;可惜不是太懂,导师也催文章就这样拖下来了。

应该是在六月份儿左右,我重读了lammps的manual,(貌似三四天完成了超哥的建议,虽然还是有点懵懂,但是感觉比第一次看两个月收获大多了)

粗粒化模拟又碰到瓶颈了。
其实就是不会拟合势函数,以及lammps计算其他的相关性质。
现在特想找lammps的一种例子,就是有计算分析的,如同上面超哥给的网址里边的例子,最好有分析,可惜还未如愿,还在搜寻中。

这样就一直拖到了现在8月份儿了。其实粗粒化没什么结果,我都想放弃了,想做量化分析,打算学学Gauss。导师不建议我先这么做,建议我先从粗粒化入手写篇文章,毕竟我现在几乎没什么成果(哎


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 楼主| 发表于 2015-8-14 10:04:08 | 显示全部楼层
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发表于 2015-8-14 12:04:48 | 显示全部楼层
那你是怎么得到lammps的data文件的呢?

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 楼主| 发表于 2015-8-15 17:32:27 | 显示全部楼层

和势函数相关

本帖最后由 朱雪刚 于 2015-8-15 17:33 编辑
xulisky 发表于 2015-8-14 12:04
那你是怎么得到lammps的data文件的呢?

因为要分开计算势函数,我选的原子类型就是molecular。从例子里边找到有molecular的数据,或者从read_data下边看到molecular的格式,应该是原子atomID moleculartype atomtype x y z的样子从excell里边按照格式做出来就好了。
我看到你也在弄lammps,不知可有资料分享一下。

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发表于 2015-8-16 09:49:36 | 显示全部楼层
朱雪刚 发表于 2015-8-15 17:32
因为要分开计算势函数,我选的原子类型就是molecular。从例子里边找到有molecular的数据,或者从read_dat ...

我的资料基本就是手册手册手册!!!以及小木虫上前人的问题。
当然网页版的比pdf版的看着舒服。
哈哈
我现在发现有些重要键、角的信息为0,我应该从哪里去找参数呢。

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 楼主| 发表于 2015-8-21 09:46:34 | 显示全部楼层
pair_style bond
pair_style angle
这两个命令和键角有关。
不知道能不能解决你的问题。这个也许和你的势函数有关。

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发表于 2015-9-15 17:13:27 | 显示全部楼层
非常给力,我是新手,想请教个问题,昨晚MD对数据处理,需要什么软件么 还是需要自己做脚本,我想得到的是分子取向的分布函数和功率谱,

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发表于 2017-5-5 09:49:02 | 显示全部楼层
谢谢资料分享,先跑一遍再说

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发表于 2017-5-12 09:57:01 | 显示全部楼层
都不容易。。。学习了。

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发表于 2017-5-15 01:33:29 | 显示全部楼层
收藏了。

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发表于 2017-6-7 22:10:06 | 显示全部楼层
支持一下

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 楼主| 发表于 2017-6-29 15:21:04 | 显示全部楼层
才发现以前发的帖子,现在网易上有田文德老师的动力学视屏,挺适合入门,不过需要付费。建议有条件的去看看。

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发表于 2018-1-2 10:47:31 | 显示全部楼层
我觉得学习软件最快的途径就是做实例,当然必须要有一定的基础知识。感谢楼主分析那么多实例!

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发表于 2018-3-25 10:14:49 | 显示全部楼层
感谢分享~~~
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