求助高斯并行的pbs基本设置问题

lqhenwunai · 发表于 Post on 2020-1-8 09:19:44

请问一下关于高斯pbs脚本设置问题。

当我在输入脚本里写
g09  <$1 >>$basename.cpu$ncpu.out 时，高斯能正常运行结束。但是当我top时只有一个l502在运行。

而当我在脚本里写
mpirun g09  <$1 >>$basename.cpu$ncpu.out时，高斯却报错说
Route card not found.
Error termination via Lnk1e in /opt/g09/l1.exe at Wed Jan  8 09:39:42 2020.

请问这是怎么回事

谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-8 20:58:20

Gaussian是OpenMP方式并行的（跨节点再结合linda），根本就不能用mpirun
搞清楚MPI和OpenMP的差异
单机并行要用%nproc来设

abin · 发表于 Post on 2020-1-8 23:30:37

楼上说的对.
请仔细看一下高斯手册前几页, 怎么运行哪里.

G09 用%nproc=XX XX 为核心数目, 整数.
G16 用%cpu=0-23 含义为采用 24 个 cpu 核心.

详情请看高斯手册相关部分.

lqhenwunai · 发表于 Post on 2020-1-9 13:06:03

sobereva 发表于 2020-1-8 20:58
Gaussian是OpenMP方式并行的（跨节点再结合linda），根本就不能用mpirun
搞清楚MPI和OpenMP的差异
单机并 ...

我设置了nproc，但是top后只能看到一个l502在运行，请问这并行成功了吗？

abin · 发表于 Post on 2020-1-9 15:38:16

lqhenwunai 发表于 2020-1-9 13:06
我设置了nproc，但是top后只能看到一个l502在运行，请问这并行成功了吗？

看后面的数值哦.
share memory 方式的, 一般显示为 398%CPU 比如用 4 个 CPU 核心.

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-10 01:58:33

你对Gaussian的常识太匮乏，先仔细看此文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

lqhenwunai · 发表于 Post on 2020-1-10 11:14:44

sobereva 发表于 2020-1-10 01:58
你对Gaussian的常识太匮乏，先仔细看此文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/43 ...

我觉得我是对并行的知识很匮乏。(可不可以写个帖子介绍一下并行计算的相关知识呢？)

我现在有44个物理cpu，我在%nproc指定20个处理器运行。但是在top后只有一个高斯作业在运行。那么我并行成功了吗？

lqhenwunai · 发表于 Post on 2020-1-10 11:25:47

abin 发表于 2020-1-9 15:38
看后面的数值哦.
share memory 方式的, 一般显示为 398%CPU 比如用 4 个 CPU 核心.

谢谢。cpu使用率确实是2000%. 所以并行成功了是么？

psfan · 发表于 Post on 2020-1-11 08:36:56

lqhenwunai 发表于 2020-1-10 11:25
谢谢。cpu使用率确实是2000%. 所以并行成功了是么？

是的。

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