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本帖最后由 exity 于 2021-2-2 11:53 编辑
有的同学可能没有正版的chemoffice套件，又因为洁癖等原因不愿意安装DAO版，那么Chemsketch软件有免费版，可以生成cdx文件，理论上应该可以在这里替代chemoffice。--24/Feb/2020
关于open babel的使用请参考社长的帖子：http://sobereva.com/440
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最近做了一个课题，考察不同官能团对蒽环结构上的电子云影响（其实是我瞎编的，并没有做这个课题）。
利用chemoffice里的套件，随手就画了若干种可能性，如下图所示（随手画的，不要抬杠）：
再想到还有其他各种官能团要考察（硝基，胺基，甲基，磺酸基等等等），排列组合，要考察的对象数量相当可观，脑补了一下，心态爆炸。
这TMD的一个一个存为单独的文件，再用chem3D打开，另存为gjf，再写关键词，岂不是要搞到明年今日？
冷静了一下，摸索出一条路径，相当方便，在此分享给大家，一起进步。
1. 打开你的chemdraw，尽情的绘制你的分子，全部画在一起，就和上图一样，然后另存为1.cdx。
2. 登录你的服务器，安装epel源，然后yum install openbabel.x86_64，安装openbabel，视情况使用sudo权限。
3. 输入命令 obabel，看看你安装好了没，if安装好了，就继续，没安装好，自己想办法去。
4. 把1.cdx上传到你的服务器某目录，这里我放在/home/username/temp/obabeltest/目录下，放哪里随你，能找到就行。
5. 在此目录下输入，obabel 1.cdx -O new.gjf -m --gen3D --minimize --ff UFF，然后稍等，视你cdx文件中的分子数量多少耗时不尽相同。
6. 在此目录下再次输入命令 touch keyword.sh，此命令的意思是创建一个名为keyword.sh的脚本文件。
7. 用vim等命令打开keyword.sh，写入如下内容后保存：（复制粗体的部分，上下空行不要复制）
#!/bin/bash
for i in *.gjf
do
echo Decent G09 inputfile of ${i} is being prepared ...
sed -i "s/#Put Keywords Here, check Charge and Multiplicity./%nproc=48\n%MEM=185GB\n%chk=${i//gjf/chk}\n#p freq opt scrf=(smd,solvent=methanol) EmpiricalDispersion=GD3 int=ultrafine M062X\/6-311G\**/g" ${i}
echo Your refined ${i} was prepared!
echo
done
8. 用chmod +x keyword.sh命令给此脚本运行权限后执行。
9. ls看看目录下的文件，检查一下关键词和电荷等内容，就可以啦。
10. 谢谢收看，祝新年快乐！
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刚刚发现，直接用chemdraw存的cdx文件进行转化的话，容易翻车，见下图
一般有chemdraw的人都会有chem3D，在chemdraw绘制好后用chem3D打开一下后再另存为cdx文件就不会有这样的问题了，见下图：
当然了，你在chem3D里跑下能量最小化也行，但是有时候反而会把有序的分子排序搞乱搞错，注意一下这一点就好了。
===============================把两个脚本文件整理了一下============================
使用obabel脚本如下粗体所示：
time obabel *.cdx -O new.gjf -m --gen3D --minimize --ff UFF
- 解释如下：
- time 对obabel程序的转化过程进行计时
- obabel 调用obabel程序
- *.cdx 表示使用当前目录下的cdx文件作为obabel的输入文件
- -O obabel程序的输出参数，后面接具体的文件名，例如 a.gjf等
- new.gjf 上述“-O”参数的具体输出的文件名，在我们这里的实践中，则会输出new1.gjf new2.gjf new3.gjf...等等
- -m obabel程序参数，表示把一个输入文件，分割成多个输出文件，每个独立的分子构型都写入到一个独立的文件中
- --gen3D obabel程序参数，表示生成三维构型的分子坐标，如果不加这个参数，用可视化软件打开转化后的gjf文件，会发现所有的原子都在一个平面上，而且没有H原子
- --minimize 表示进行能量最小化
- --ff UFF 表示用UFF分子力场进行能量最小化，我的分子比较特殊，在UFF下产生的构型比较好，其他同学可以使用MMFF94力场，可能效果更好，即--ff MMFF94就可以了
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写入keyword的脚本如下粗体所示（太麻烦了，就不解释了，红色部分是你自己能定义的部分，具体意义看看就明白了，都是高斯输入文件的东西）
#!/bin/bash
for i in *.gjf
do
echo Decent G09 inputfile of ${i} is being prepared ...
sed -i "s/#Put Keywords Here, check Charge and Multiplicity./%nproc=48\n%MEM=185GB\n%chk=${i//gjf/chk}\n#p freq opt scrf=(smd,solvent=methanol) EmpiricalDispersion=GD3 int=ultrafine M062X\/6-311G\**/g" ${i}
echo Your refined ${i} was prepared!
echo
done
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发表于 Post on 2020-1-18 11:18:13
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