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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-11 23:55:10 | 只看该作者 Only view this author
pet 发表于 2020-6-10 18:23
十分感谢sob老师的脚本,今天刚安装上Multiwfn, 在使用out2gjf.sh时只能输出前面几行关键词,没有输出坐标 ...

你先手动运行,处理一个文件试试。即启动Multiwfn后,载入out文件,按照脚本里的内容敲命令,看能否产生gjf文件。如果不能,根据屏幕上的提示解决。
如果用的不是Multiwfn最新版本先下载最新版本再试
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发表于 Post on 2020-9-9 23:12:38 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2020-2-2 10:04
这里分享一下 windows下如何利用multiwfn将Gaussian的输入文件(*.gjf)批量转换成ORCA输入文件(*.inp):

...

老师,您好!感谢提供脚本!但是用Extract_SPE_ORCA.sh这个脚本的时候,我ORCA输出的是out文件,将脚本里的log都改成了out,但是单点能总是提取不出来,运行脚本之后总是Total 0 files have been processed,还望指教一下!万分感谢!

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发表于 Post on 2020-9-10 09:46:32 | 只看该作者 Only view this author
Hanz 发表于 2020-9-9 23:12
老师,您好!感谢提供脚本!但是用Extract_SPE_ORCA.sh这个脚本的时候,我ORCA输出的是out文件,将脚本里 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-16231-1-1.html  用这里的脚本
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发表于 Post on 2020-9-10 15:37:26 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2020-9-10 09:46
http://bbs.keinsci.com/thread-16231-1-1.html  用这里的脚本

      感谢冰冰姐!已经用了,非常方便!

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发表于 Post on 2021-4-27 13:09:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-11 23:55
你先手动运行,处理一个文件试试。即启动Multiwfn后,载入out文件,按照脚本里的内容敲命令,看能否产生g ...

遇到同样问题,使用3.8版本。当转化文件log,置于与Multiwfn程序同级目录下,可正常批量转化。而不在同一级目录时,无论手动执行还是脚本执行,转化得到的.gjf都没有坐标行。环境变量已经设置好。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-27 14:12:35 | 只看该作者 Only view this author
qingqing 发表于 2021-4-27 13:09
遇到同样问题,使用3.8版本。当转化文件log,置于与Multiwfn程序同级目录下,可正常批量转化。而不在同一 ...

3.8正式版迄今没有发布过
放到当前目录就完了,本来帖子里明确说的就是转化当前目录的。要改成其它情况就自己改脚本
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-11 11:27:39 | 只看该作者 Only view this author
今日对此文进行了更新,加入了新的脚本out2gjf_zmat.sh,可以直接批量转化出内坐标形式的Gaussian输入文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-4 17:28:42 | 只看该作者 Only view this author
今日更新的Multiwfn加入了这个特性
对于2021-Jun-4之后更新的Multiwfn,如果当前目录下有个template.gjf文件,并且其中坐标部分用[geometry]代替,则这个文件会自动被当做模板文件产生新的gjf,而含有[geometry]的这一行会被替换为当前体系的坐标,这个设计给产生特殊的输入文件的情况(如需要从末尾读取额外信息)来了极大的灵活性。


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-16 03:11:25 | 只看该作者 Only view this author
今日再次对Multiwfn进行了更新。在模板文件template.gjf里,如果输入文件里某一行或几行里有[name]字样,则这六个字符会被替换为新产生的输入文件名(不含后缀),这便于产生与输入文件同名的chk、wfn等文件。见本文最后部分的例子。
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发表于 Post on 2021-7-8 14:58:07 | 只看该作者 Only view this author
感觉之前真的是在浪费时间

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发表于 Post on 2021-9-3 14:13:22 | 只看该作者 Only view this author
pet 发表于 2020-6-10 18:23
十分感谢sob老师的脚本,今天刚安装上Multiwfn, 在使用out2gjf.sh时只能输出前面几行关键词,没有输出坐标 ...

您好,请问您的问题解决了吗,我也出现了完全一样的问题,gjf2xyz.sh可以正常输出,out2gjf.sh也是只输出前两行。单独运行Multiwfn把out文件转化成gjf文件也不行,但是在WIn环境下可以正常转换,想请教是哪个地方设置出了问题。

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发表于 Post on 2021-9-3 16:02:29 | 只看该作者 Only view this author
dududu 发表于 2021-9-3 14:13
您好,请问您的问题解决了吗,我也出现了完全一样的问题,gjf2xyz.sh可以正常输出,out2gjf.sh也是只输出 ...

问题解决了,但是抱歉时间太久了记不太清怎么做的了,你看一下settings里面iloadGaugeom及其它参数设置对没有呢?或者Multiwfn的安装有没有问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-3 17:18:03 | 只看该作者 Only view this author
dududu 发表于 2021-9-3 14:13
您好,请问您的问题解决了吗,我也出现了完全一样的问题,gjf2xyz.sh可以正常输出,out2gjf.sh也是只输出 ...

老版本必须把iloadGaugeom设成1才会从输出文件里读取结构信息
目前官网上最新版Multiwfn默认iloadGaugeom就是1
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发表于 Post on 2021-9-4 12:02:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-3 17:18
老版本必须把iloadGaugeom设成1才会从输出文件里读取结构信息
目前官网上最新版Multiwfn默认iloadGaugeo ...

谢谢老师的回复。
在centos中修改后还是没能解决。最后安装Cmder在win下模拟实现了。

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发表于 Post on 2021-9-4 12:04:18 | 只看该作者 Only view this author
pet 发表于 2021-9-3 16:02
问题解决了,但是抱歉时间太久了记不太清怎么做的了,你看一下settings里面iloadGaugeom及其它参数设置对 ...

谢谢您的回复!估计是我安装出了问题,目前在win下模拟解决了,有时间再去研究看看centos中是怎么回事。

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