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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-4 13:42:19 | 只看该作者 Only view this author
dududu 发表于 2021-9-4 12:02
谢谢老师的回复。
在centos中修改后还是没能解决。最后安装Cmder在win下模拟实现了。

要么是你的Multiwfn版本太老,要么是没找到settings.ini,仔细看此文Q18
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

跟系统绝对毫无关系
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发表于 Post on 2021-9-13 11:58:05 | 只看该作者 Only view this author
dududu 发表于 2021-9-4 12:04
谢谢您的回复!估计是我安装出了问题,目前在win下模拟解决了,有时间再去研究看看centos中是怎么回事。

你是不是忘记把settings.ini放进当前文件夹了呢?  我今天有一次忘放进去了,出来的结果就是只有前几行没有坐标。

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发表于 Post on 2021-9-14 09:07:42 | 只看该作者 Only view this author
pet 发表于 2021-9-13 11:58
你是不是忘记把settings.ini放进当前文件夹了呢?  我今天有一次忘放进去了,出来的结果就是只有前几行没 ...

有可能。重新安装最新版的Multiwfn后,直接解决问题!

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发表于 Post on 2022-2-19 05:40:44 | 只看该作者 Only view this author
社长,我在使用multiwfn的格式转换功能的时候发现,在Linux上比在win下慢得多,可能是什么原因呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-19 09:35:56 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2022-2-19 05:40
社长,我在使用multiwfn的格式转换功能的时候发现,在Linux上比在win下慢得多,可能是什么原因呢?

如果是纯文本方式远程连接,启动时可能会卡一下,也许是这个原因。可以用noGUI版
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发表于 Post on 2022-4-21 17:54:42 | 只看该作者 Only view this author
社长,请问使用out2gjf_zmat.sh脚本时template.gjf是否需要改格式,我用out2gjf.sh转化格式时能读取template.gjf中的关键词,但是用out2gjf_zmat.sh时读取不了template.gjf中的关键词

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-22 02:22:14 | 只看该作者 Only view this author
forpaper 发表于 2022-4-21 17:54
社长,请问使用out2gjf_zmat.sh脚本时template.gjf是否需要改格式,我用out2gjf.sh转化格式时能读取templat ...

之前的版本仅对于输出笛卡尔坐标的情况才支持套用template.gjf

我今天官网上新更新的Multiwfn对于输出内坐标的情况也支持套用template.gjf了。脚本本身不用改
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发表于 Post on 2022-4-23 11:39:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-22 02:22
之前的版本仅对于输出笛卡尔坐标的情况才支持套用template.gjf

我今天官网上新更新的Multiwfn对于输出 ...

好的,谢谢社长

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发表于 Post on 2022-8-29 18:32:32 | 只看该作者 Only view this author
请问,在windows上,log文件输出内坐标或者笛卡尔坐标的时候,导出的文件并没有分子信息,settings.ini文件我也改啦,就是不出现分子信息,这是什么原因

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-30 10:47:13 | 只看该作者 Only view this author
libo371324 发表于 2022-8-29 18:32
请问,在windows上,log文件输出内坐标或者笛卡尔坐标的时候,导出的文件并没有分子信息,settings.ini文件 ...

后缀必须是.out
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发表于 Post on 2022-10-18 11:31:40 | 只看该作者 Only view this author
请教一下社长,out2gjf.sh脚本如果不添加 template.gjf 的时候,gjf文件里有out文件转换出来的多重度与电荷信息;但是如果使用 template.gjf 之后,多重度这一行就会被替换成  template.gjf  这一行;如果多个out文件的多重度不同,想用 template.gjf 改变其他设置的同时又保持out文件中的多重度信息,该如何设置呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 19:44:51 | 只看该作者 Only view this author
qinjiu 发表于 2022-10-18 11:31
请教一下社长,out2gjf.sh脚本如果不添加 template.gjf 的时候,gjf文件里有out文件转换出来的多重度与电荷 ...

我刚刚更新了Multiwfn官网上的最新版本,现在净电荷和自旋多重度将不会用template.gjf里的了,将会和当前体系或者从gjf直接读来的相一致

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发表于 Post on 2022-12-13 23:28:16 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-2-1 08:28
谢谢老师!这个功能会加入Multiwfn么?好像有个小问题,优化正常结束后目前的Gaussian(旧版本没测试)会在 ...

看不懂C
想问下老师读取out文件中的坐标的逻辑,读哪一部分的坐标呢
还有我注意到out文件的收敛的坐标跟用GaussView产生gjf文件的坐标不一样,是standard orientation
怎样产生standard orientation呢
想研究下自己写个脚本批量产生gjf,不知道shell script可不可写呢
请老师指导指导

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发表于 Post on 2022-12-21 09:42:35 | 只看该作者 Only view this author
Smes 发表于 2022-12-13 23:28
看不懂C
想问下老师读取out文件中的坐标的逻辑,读哪一部分的坐标呢
还有我注意到out文件的收敛的坐 ...

看你的需求。我写代码一般是默认读Input orientation,找不到再读Standard orientation,再找不到就读Z-matrix orientation,再找不到就报错。不建议折腾Shell,不够直观,不如花一上午学学Python。关于标准取向和输入取向的差别,看卢老师博文《谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用》。

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发表于 Post on 2024-10-12 19:05:52 | 只看该作者 Only view this author
太感谢了

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