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[辅助/分析程序] 计算两个平面夹角的小程序

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发表于 Post on 2015-8-20 22:17:53 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
2021-Mar-3补充:后来在Multiwfn里加入了对动力学轨迹计算指定的两个平面间夹角随帧号变化的功能,见《计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角》(http://sobereva.com/590)。


今天思想家公社QQ群有人问怎么计算两个平面的夹角。如果本身是二面角好办直接量就行了,但如果不属于这种情况就稍微麻烦,虽然有一些可视化程序如diamond可以量但终究为这点事安装一个也麻烦。这里提供个自写的不足挂齿的程序twoplane2angle来计算夹角。先输入定义第一个平面的三个点的坐标,再输入定义第二个平面的三个点的坐标,然后就会输出夹角。

twoplane2angle.rar (330.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 259)

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发表于 Post on 2015-8-21 15:22:50 | 显示全部楼层 Show all
能否提供源码学习下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-21 15:25:55 | 显示全部楼层 Show all
mol 发表于 2015-8-21 15:22
能否提供源码学习下

源码非常简单,见这里
http://sobereva.com/302
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发表于 Post on 2015-8-21 17:56:17 | 显示全部楼层 Show all
sob老师好,我想咨询一下如下的问题:
比如说,我想看图中两个苯环的夹角,这个不能用高斯view的二面角来表示是吧?因为高斯view中二面角需要四个原子来确定另个面,显然这两个面不是我想要的。
所以借助老师刚刚写的这个程序,我输入了3个苯环1的坐标和另外3个苯环2的坐标,这样得到的结果就是两个面的夹角了吧?如下图。
不晓得这样对不对?谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-21 21:01:37 | 显示全部楼层 Show all
小范范1989 发表于 2015-8-21 17:56
sob老师好,我想咨询一下如下的问题:
比如说,我想看图中两个苯环的夹角,这个不能用高斯view的二面角来 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-8-28 12:49:06 | 显示全部楼层 Show all
还可以考虑用VMD中的vector操作来进行。也是相当的容易实现。

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发表于 Post on 2020-11-5 22:03:23 | 显示全部楼层 Show all
yjmaxpayne 发表于 2015-8-28 12:49
还可以考虑用VMD中的vector操作来进行。也是相当的容易实现。

你好 请问VECTOR在哪个模块里呀 没有找到

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发表于 Post on 2020-11-6 13:35:11 | 显示全部楼层 Show all
紫薯糯米小丸子 发表于 2020-11-5 22:03
你好 请问VECTOR在哪个模块里呀 没有找到

TCL Console, 例子如下:https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.7.1/ug/node163.html

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