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[辅助/分析程序] 批量转换量子化学软件I/O文件以及提取输出信息的Shell脚本

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发表于 2020-2-5 23:24:22 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 冰释之川 于 2020-5-16 10:38 编辑

之前看到了社长写的一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本:
http://sobereva.com/530http://bbs.keinsci.com/thread-16161-1-1.html

于是乎本人心血来潮,基于Multiwfn编写了多种常用量子化学程序间I/O文件转换的脚本包
1 Convert [*.gjf/*.xyz/*.fchk/*.fch/*.out/*.log] files to [*.gjf/*.inp/*.mop/*.xyz] files by Multiwfn
2 Convert [*.fchk/*.fch] files to [*.mkl] files by Multiwfn
3 Interconvert between [*.fchk/*.fch] and [*.molden] files by Multiwfn
4 Interconvert between [*.fchk] and [*.chk] Gaussian checkpoint files by formchk/unfchk tool
5 Interconvert between [*.gbw] and [*.mkl] ORCA files by orca_2mkl tool
6 Convert [*.gbw] files to [*.molden] files by orca_2mkl tool

Conversion_Scripts.sh (16.03 KB, 下载次数: 64)

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参与人数 13威望 +1 eV +58 收起 理由
pika02 + 5 bbj大法好
snljty + 5 也是辛苦
小红豆 + 3
小苹果 + 5 牛!
ggdh + 5 GJ!
978142355 + 5 bb姐强悍
biogon + 5
tjuptz + 5 牛!
zsu007 + 5 好物!
Warm_Cloud + 5 bb姐强!
sobereva + 1
linqiaosong + 5 bb姐大法好!
ene + 5 bb姐牛逼!

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发表于 2020-2-6 08:25:14 | 显示全部楼层

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 楼主| 发表于 2020-2-7 10:27:03 | 显示全部楼层
Extract_Scripts.sh 已更新,增加了下述功能:
Detect the status of Gaussian optimization outputs (imaginary frequency, opt/SCF convergency, etc.)
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发表于 2020-2-7 11:55:02 | 显示全部楼层
冰冰姐好腻害!

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发表于 2020-2-7 18:26:34 | 显示全部楼层
没有介绍用法啊,萌新一脸懵逼

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 楼主| 发表于 2020-2-7 19:00:32 | 显示全部楼层
ggdh 发表于 2020-2-7 18:26
没有介绍用法啊,萌新一脸懵逼

钟叔是大蟒+壳大神,瞟一眼代码就知道怎么用了
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发表于 2020-2-8 15:48:24 | 显示全部楼层
非常好用,输出的坐标是小数点后6位,要是能完整取出小数点后10位就更好了,另外,输出的gjf文件怎么批量指定关键词或%部分,谢谢!

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 楼主| 发表于 2020-2-8 15:59:53 | 显示全部楼层
本帖最后由 冰释之川 于 2020-2-8 16:01 编辑
小苹果 发表于 2020-2-8 15:48
非常好用,输出的坐标是小数点后6位,要是能完整取出小数点后10位就更好了,另外,输出的gjf文件怎么批量指 ...

这是调用Multiwfn批量输出gjf的,要取10位小数得改Multiwfn了
关于输出的gjf如何批量改关键词,我这边提供一种方法,就是利用notepad++对要编辑的*.gjf批量打开,然后利用正则表达式查找功能进行对指定行的字符串替换(这里我对第4和第5行进行替换)。

1.png 2.png 3.png


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发表于 2020-2-8 16:42:40 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2020-2-8 15:59
这是调用Multiwfn批量输出gjf的,要取10位小数得改Multiwfn了
关于输出的gjf如何批量改关键词,我 ...

奥利给!我用Ultraedit也可以,省了不少功夫,非常感谢,元宵节平安快乐!

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发表于 2020-2-10 07:10:56 | 显示全部楼层
小苹果 发表于 2020-2-8 15:48
非常好用,输出的坐标是小数点后6位,要是能完整取出小数点后10位就更好了,另外,输出的gjf文件怎么批量指 ...

Gaussian输出文件里给出的就是6位,输出10位没有意义
第12届北京科音初级量子化学培训班将于六月举办!是零基础和初学者速成量子化学计算的非常难得和宝贵的机会,欢迎参加!详情和报名方式见http://www.keinsci.com/workshop/12KEQC
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计约6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
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 楼主| 发表于 2020-2-10 19:54:57 | 显示全部楼层
2020.2.10增加:
(1)批量删除文件脚本
(2)批量为*.gjf/*.inp/*.xyz/*.mop生成PBS作业提交文件的脚本(请酌情修改模板文件)
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发表于 2020-2-11 01:31:20 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-2-10 07:10
Gaussian输出文件里给出的就是6位,输出10位没有意义

一般的计算可能不需要,但如果取优化后几何做单点能量计算时,6和10位有时的差别可能不能忽略,比如比较各垂直或绝热态的能量,一般从正常终结的结果文件最后的最后坐标取出。像下边这样
\0,1\C,-0.2053340042,0.0481801158,0.\H,0.3483874757
,-0.8860944766,0.\H,-1.2892620756,-0.0010504554,0.\C,0.4570426498,1.19
83902093,0.\H,1.5384022319,1.2780758788,0.\Cl,-0.3273554376,2.76350264
8,0.\\Version=ES64L-G09RevD.01\State=1-A'\HF=-538.1853943\

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发表于 2020-2-11 01:35:26 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2020-2-10 19:54
2020.2.10增加:
(1)批量删除文件脚本
(2)批量为*.gjf/*.inp/*.xyz/*.mop生成PBS作业提交文件的脚本(请 ...

直接从Gaussian结果文件中批量提取TDDFT的S1态的能量和振子强度输出到txt或excel文件怎么写,在论坛中找了些,但还是没办法,对shell编程一无所知,可否请老师指点下,万分感谢。

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发表于 2020-2-11 11:54:41 | 显示全部楼层
小苹果 发表于 2020-2-11 01:31
一般的计算可能不需要,但如果取优化后几何做单点能量计算时,6和10位有时的差别可能不能忽略,比如比较 ...

6和10位的差异可以充分忽略,凭我的经验小数点第七位之后的差异绝对不可能造成在电子态能量横向比较问题上产生有对研究实际问题可察觉的差异,几何优化verytight收敛限的最大位移阈值都有0.000006 Bohr。
没必要从末尾读取,非常麻烦。倘若出于特殊目的真需要更高精度的坐标,还不如从fch里读,把fch作为Multiwfn输入文件即可。
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小苹果 发表于 2020-2-11 01:35
直接从Gaussian结果文件中批量提取TDDFT的S1态的能量和振子强度输出到txt或excel文件怎么写,在论坛中找 ...

稍微google一下grep和awk的使用立马明白
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