本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-4-30 09:39 编辑
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复杂分子的RDG等值面图经常有很多区域，渲染平面图时相互重叠，有难以让人看清关键部分的问题。解决这个问题可以使用屏蔽cube区域的方法，但常需要屏蔽多次，比较繁琐（尤其是想展示多片RDG区域，且等值面不够规整的时候）。在此开发了一个小工具，用于对cube进行等值面分块，之后可以在图形程序中进行。示例如下面的GIF（操作过程）和最终渲染图片对比（要看动图需特殊上网方法）：
这个工具适用于任何等值面分成孤立（不连续）的几片表面的情况，也可以实现等值面图的分片样式设置，如下面是水的ELF等值面图，分开后可以为每一部分设置不同的样式：
工具可从此处下载：游客，本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览，您当前积分为 0 （因为Python，又懒得精简依赖的包，有一点大）
使用时运行解压后文件夹中的 Isosurface_Split.exe 文件，程序首先询问三个参数：
首先是等值面的值，需要注意程序运行一个循环只能同时处理一个等值面，诸如±0.5是不自动处理的，要分别处理一次。：
- Input isovalues for isosurfaces. Split multiple isovalues with a comma (e.g. -0.05, 0.05). Press Enter for [0.5]:
- Input maximum number of blocks for each isovalue. Press Enter for [50]. Input -1 to remove limit:
- Input the value which will be filled to the blank region of a cube file. Press Enter for [100]:
程序在绘制等值面时，是在尝试寻找cube文件中等于某数值的点，但因为Cube文件取点是间断的，（一般）没有与所要求值恰好相等的点，所以程序需要对相邻的格子进行某种插值。
用一维的例子进行说明（三维数据对应二维的等值面，一维曲线对应零维的等值点集），下面的曲线中，不做截取时有三个等值点，现在尝试将最左侧的等值点截去时，需要考虑应该对截去的部分填充什么数值，如果填充数值较大（如1.5），会导致程序多插值出一个没有物理意义的等值点（如红色箭头所示）如果设置为0.5，就正常了。
实际例子里，RDG图因为是“下凸的”（isovalue越大，等值面包围的面积越大），所以应该设置一个比所有数值都大的数字。ELF图是“上凸的”（isovalue越大，等值面越小），所以应该设置一个接近0的数值。如果设置错误，例如ELF的屏蔽值写了1（而不是正确的0）就会出现下图中第二张图的情况，在曲面的截断处多出一个“相似形状，大小更大的壳子”。
之后将要用于分割的cube文件拖到程序窗口里，按回车，程序就会自动完成分割，完成后会在原cube文件所在目录下生成一系列由大到小的cube文件：
- Size (kB) Filename
- 380,256 func2.cube
- 3,677 func2_Iso_1.cube
- 1,907 func2_Iso_2.cube
- 1,260 func2_Iso_3.cube
- 924 func2_Iso_4.cube
- 825 func2_Iso_5.cube
- 712 func2_Iso_6.cube
- 365 func2_Iso_7.cube
- 378 func2_Iso_8.cube
- 376 func2_Iso_9.cube
- 317 func2_Iso_10.cube
- 428 func2_Iso_11.cube
- 196 func2_Iso_12.cube
- 201 func2_Iso_13.cube
PyMOL.zip
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发表于 Post on 2020-2-7 09:18:00
楼主 Author
，其他的VMD还是比PyMol亲民
棕色区域一坨屎一样……
不会写Tcl，等别人写